Figure 3. MetaMapp of the metabolic modules that were altered in E. coli grown in galactose.
估计阅读时长: 3 分钟 在工作之中可能会遇到需要进行两个网络图对象之间的相似度计算的情形:例如在质谱数据分析的化学信息学计算工作之中,我们在解析SMILES字符串得到分子图之后,可以基于图相似度比较计算方法来比较计算两个代谢物分子图之间的结构上的相似度。 Attachments pone.0078360.g003 • 2 MB • 37 click 06.08.2022https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0078360
估计阅读时长: 8 分钟 Motif是一段典型的序列或者一个结构。一般情况下是指构成任何一种特征序列的基本结构。通俗来讲,即是有特征的短序列,一般认为它是拥有生物学功能的保守序列,可能包含特异性的结合位点,或者是涉及某一个特定生物学过程的有共性的序列区段。比如蛋白质的序列特异性结合位点,如核酸酶和转录因子。 Order by Date Name Attachments Smith-Waterman-Algorithm-Example-Step3 • 8 kB • 33 click 07.06.2022motifPilesHeatmap-1 • 227 […]
估计阅读时长: 9 分钟 一般而言,如果我们在进行组学数据分析的时候,如果想要比较两组数据之间是否存在有差异性,一般是对两两比较的两组数据进行T-检验。但是在代谢组学数据分析领域内,则很多的组学数据分析情况为比较两组以上的数据,寻找差异的biomarker。那这个时候就需要使用上ANOVA统计检验方法了。 Order by Date Name Attachments anova • 105 kB • 105 click 28.05.2022ANOVA-screen • 27 […]
估计阅读时长: 5 分钟 假设现在存在有这样子的一个人群等位基因统计结果信息表格: Populations AA Aa aa Subpopulation 1 125 250 125 Subpopulation 2 50 30 20 Subpopulation […]
估计阅读时长: 4 分钟 访问在线服务: http://metdna.zhulab.cn/ Metabolite identification is the long-standing challenge for liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS)-based untargeted metabolomics. Here, […]
Figure 6 scTDA analysis of mouse and human developmental data sets.
估计阅读时长: 9 分钟 单细胞分析方法学习文献打卡记录: 【单细胞组学】PhenoGraph单细胞分型 【单细胞分析方法】VeTra:基于RNA速度的轨迹推断工具 【单细胞分析方法】单细胞图嵌入 Order by Date Name Attachments Cellular populations during motor neuron differentiation • […]
估计阅读时长: 5 分钟 在之前的BioDeep代谢物数据库整合工作之中,所提取的代谢物注释信息的唯一编码是来自于数据库表之中的递增主键。由于数据库之中的递增主键的唯一编码值是与数据内容完全无关的数据,所以在基于图数据库做数据库整合的结果在两次整合操作之后,可能会因为先后输出顺序不一致的原因,得到的在关系型数据库中的唯一递增编号可能会完全不一样了。这个问题会对数据库更新操作造成非常大的困扰。 Order by Date Name Attachments 450px-Hash_table_5_0_1_1_1_1_1_LL • 26 kB • 53 click 16.04.2022metadata-table • 58 […]
Single-cell mapping of gene expression landscapes and lineage in the zebrafish embryo
估计阅读时长: 4 分钟 Assembles a manifold that is defined through a series of overlapping, locally-defined PCA subspaces. Non-mutual k-nearest-neighborhoods […]
VeTra: a tool for trajectory inference based on RNA velocity
估计阅读时长: 4 分钟 单细胞轨迹可以揭示基因调控如何控制细胞命运:大多数细胞状态转变,无论是在发育,重编程或者是疾病异常状态,都以基因表达变化的级联为特征。 Order by Date Name Attachments vec • 722 kB • 74 click 17.03.2022Slide10 • 14 […]
估计阅读时长: 3 分钟 https://github.com/xieguigang/graphQL 构建一个图数据库,可以用来帮我们解决复杂的知识关联计算问题。例如我们想要程序向我们回答dihydrogen oxide与water是否是同一个东西。如果光从字符串比较角度上面来看待这个问题的话,很显然,二者的字符串比较结果肯定是False。面对上面的这个问题,图数据库则可以很简单的向我们回答道上面的两个字符串都是指代的同一个东西。 Order by Date Name Attachments tumblr_inline_mqvdlydGCp1qz4rgp • 124 kB • 59 click 05.03.2022Capture […]