binary tree clustering of phenotypic
估计阅读时长: 3 分钟 https://github.com/xieguigang/bclusterTree 对于二叉树,大家肯定不会陌生。二叉树其实就是一个有向无环图(有向:访问的方向是从父节点指向子节点;无环:子节点不会成为其父辈节点的父节点),大家可以从根节点一直往下访问到任意一个叶节点;节点间的方向是根据键值的比较的大小结果来建立的,大的值在右边,小的值在左边(《左迁与右迁》),零值在当前节点。 二叉树示意图来自于这篇博文《Self-balanced Binary Search Trees with AVL in JavaScript》 Order by Date Name Attachments Rplot […]
估计阅读时长: 4 分钟 https://github.com/xieguigang/Darwinism 最近在做一个代谢组学的数据分析程序,由于需要被分析的质谱原始数据的计算量非常大,所以肯定会需要上并行计算。在并行计算中,分为两种模式:线程并行以及进程并行。 关于如果选择脚本代码的并行模式,我在这里借用了matlab文档网站里面的一张图来给大家做参考: 《Choose Between Thread-Based and Process-Based Environments》 Order by Date Name Attachments super_computing • […]
估计阅读时长: 2 分钟 在BILIBILI上观看视频:《【GCModeller教程】基因组GO功能注释原理》 哈喽,各位小伙伴们好啊,你们可爱的六神无主鸠今天又开新课了。今天主要为大家讲解的内容是GO基因功能注释的原理和操作。在开始今天的新视频前,我先为大家来讲一个圣经中的神话: 大洪水过去后, 诺亚的三个儿子的后裔形成了人类的三大支系,居住在世界各地,遍布地面。那时候人们的语言、口音都没有分别。他们在往东边迁移的时候,在示拿这个地方遇见一片平原,就在那里住下。因为在平原上,用作建筑的石料很不易得到,他们就发明了制造砖的方法,用泥作成方块,再用火烧透,他们就拿砖当石头,又拿石漆当灰泥,建造起繁华的巴比伦城。 人们为自己的业绩感到骄傲,他们决定在巴比伦修一座通天的高塔,来传颂自己的赫赫威名,并作为集合全天下弟兄的标记,以免分散。因为大家语言相通,同心协力,阶梯式的通天塔修建得非常顺利,很快就高耸入云。 上帝是不允许凡人达到自己的高度的。他看到人们这样统一强大,心想,他们语言都一样,如果真修成宏伟的通天塔,那以后还有什么事干不成呢? 必须制止人类接近自己的狂妄。上帝就离开天国到人间,变乱了人们的语言。人们各自操起不同的语言,感情无法交流,思想很难统一。修造工程因语言纷争而停止了,通天塔的建造终于半途而废了。 Order by Date Name Attachments gene_ontology_annotation • 576 kB […]
估计阅读时长: 2 分钟 在BILIBILI上观看视频:《【GCModeller教程】基因组功能富集计算原理》 Order by Date Name Attachments 20190818_GSEA_release.mp4_20190921_225144.467 • 226 kB • 52 click 30.05.2021Fisher Exact Test […]
估计阅读时长: 2 分钟 在BILIBILI上观看视频:《【GCModeller教程】KEGG代谢途径注释原理 (重置版)》 Order by Date Name Attachments kegg_annotation • 468 kB • 52 click 30.05.2021release.mp4_20190921_225235.396 • […]
估计阅读时长: 2 分钟 https://github.com/xieguigang/mzkit 在BILIBILI上观看视频:《【BioNovoGene Mzkit教程】代谢组学原始数据处理基础》 Order by Date Name Attachments profile_videocard • 211 kB • 58 click 29.05.2021metabolims […]
估计阅读时长: 6 分钟 前段时间由于工作的需要,会需要从一些网站上抓取数据用来做数据分析。在原来我进行网页爬虫开发的时候,一般会需要专门针对网页格式,使用大量的正则表达式进行内容的解析。由于你也知道,VisualBasic语言所开发的程序为一个编译好的Assembly文件,所以假若所需要爬取的网页格式变化了,我们就需要对代码做修改和重新编译。这个时候就会非常的不方便。 Order by Date Name Attachments ea5d2885-bba5-410f-b02b-0589613412ed • 12 kB • 55 click 29.05.2021graphquery_Rscript • 36 […]
估计阅读时长: 3 分钟 根据工作的需要,我为R#脚本解释器添加了一个符号计算的功能,这个符号语言特性在进行一些化学信息学分析的时候会非常有用。例如,我们在分析一些天然产物的质谱数据的时候,会需要通过母离子减掉一些糖来进行中性丢失的计算,基于中性丢失计算来进行一些解谱分析操作。在这个过程之中,化学式符号计算就可以派上很大用场了。假设我们有一个天然产物Cyanidin 3-glucoside-5-(6-p-coumaroylglucoside),从名称我们就可以看出这个天然产物是由一个Cyanidin母核,加上两个葡萄糖以及一个coumaroyl基团构成。这个天然产物的分子化学式为C36H37O18,那现在我们将这个化学式输入到R#解释器之中,按下回车就可以很清楚的了解到这个化学式的元素构成 > C36H37O18 757.1979802 (C:36, H:37, O:18) 如果想要使用这个特性,需要在R#终端上导入mzkit程序包模块:imports "formula" from "mzkit"; Order by Date Name […]
估计阅读时长: < 1 分钟 https://github.com/rsharp-lang/R-sharp R#语言最开始的开发需求来自于对GCModeller的组件的调用需求。因为最开始GCModeller使用的是命令行模式进行运行,但是因为VB.NET语言为编译型语言,所开发的应用程序在发布之后,用户无法轻易的修改。自己对于一些比较个性化的数据分析,在引入R#语言之前,需要专门编写一段命令行代码跑GCModeller,会十分的不方便。所以后面就有了R#脚本语言的开发。 R#语言类似于R或者Matlab语言,也是一种向量化的编程脚本语言。其语法源自于R语言,同时也结合了一些TypeScript的语法,例如TypeScript之中的字符串插值语法就被引入了R#语言之中。 const words = ["world", "R# language", "GCModeller User"]; const hello = `hello ${words}!`; […]
估计阅读时长: < 1 分钟 Welcome to WordPress. This is your first post. Edit or delete it, then start writing!