估计阅读时长: 9 分钟因为一种单一的编程语言并不会覆盖到所有的适用场景的原因,在一个软件工程项目之中,采用多种语言进行混合编程是一种很常见的协作方式。例如,脚本化的语言,其非常适合于进行最顶层的应用开发,就像胶水一样用于将各种组件进行粘贴,但是脚本化的语言自身因为是基于其他的语言所构建,所以执行效率一般不会太好。对于底层组件,我们一般就会需要使用静态编译类型的非托管语言创建用于高性能数据处理的模块。对于这种需求的底层模块,我们一般可以采用C/C++/Rust来编写。
估计阅读时长: 8 分钟https://github.com/rsharp-lang/NRRD NRRD(Nearly Raw Raster Data)是一种用于存储类似于热图成像数据的文件格式。其实我们可以将NRRD看作为类似于bitmap之类的未压缩的原始光栅图像文件。只要我们有对应的解码方式,我们就可以像查看普通图片文件一样查看NRRD文件。

代谢组学那堆名词我上次查资料时也手抄过一页,QC 样本、保留时间、m/z 这些混在一张表里,来回对照着看特别费劲。你这篇把英文缩写和中文解释排在一起,省了我不少翻文献的功夫,尤其是代谢物鉴定那几段。
文中提出的"能否基于单细胞数据分析方法来分析和可视化我的基因组功能嵌入的结果矩阵呢?"让我想到一个需要先厘清的问题:把Family层级的分类当作细胞分群标签时,功能相似性与亲缘关系可能会混在一起,图上的聚集未必能直接解释为代谢功能接近。如果借用单细胞分析中的降维流程,是否可以同时标注物种分类和基因组注释完整度,看看分离主要对应哪一种差异?尤其是这里用的是EC注释的TF-IDF矩阵,缺少某项注释究竟代表功能缺失还是未被识别,也可能影响对分群结果的判断。
这个角度之前没想到,零分布原理及其在生物信息学中的应用 确实值得深入了解。刚好之前看过,可以对照着看看。
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