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估计阅读时长: 10 分钟 https://gcmodeller.org/ 流平衡分析(flux balance analysis)是一种可以用来构建和模拟分析基因组级别的代谢网络的数学方法。流平衡分析是系统生物学(system biology)的一个重要的分析手段。不同于以湿实验的代谢通量分析(metabolic flux analysis, MFA),FBA是用数学方法对代谢网络里的代谢流进行拟合分析。 Order by Date Name Attachments Electron micrographs of […]
估计阅读时长: 2 分钟 在BILIBILI上观看视频:《【GCModeller教程】基因组功能富集计算原理》 Order by Date Name Attachments 20190818_GSEA_release.mp4_20190921_225144.467 • 226 kB • 147 click 30.05.2021Fisher Exact Test […]
估计阅读时长: 2 分钟 在BILIBILI上观看视频:《【GCModeller教程】KEGG代谢途径注释原理 (重置版)》 Order by Date Name Attachments kegg_annotation • 468 kB • 152 click 30.05.2021release.mp4_20190921_225235.396 • […]
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Cool + for the post
老师提到的这个问题,我这几天会写一个使用教程,老师后面可以用教程中对应的demo示例来了解下功能的使用
空间Spot结果在下载到的mzkit文件夹中有示例吗?我试了试,不是10X结果中的tissue_positions_list.csv(软件选择此文件,直接error);在默认结果中也没找到类似的文件;
目前软件上提供了用于手动关联空间转录组数据和空间代谢组数据的功能,使用具体的功能可以通过成像画布上通过右键菜单依次打开【Samples】->【Add Spatial Tile】加载Space Ranger的空间斑点结果:在软件上进行手动旋转调整位置完成两个空间组学之间的空间位置关联,然后老师这边拿到空间位置关联信息后,就可以按照斑点的空间位置对应关系导出表达数据做关联分析了