估计阅读时长: 17 分钟 脂质的分类 LipidMAPS是美国国立卫生院推进的“脂质代谢途径研究计划”，涵盖目前最权威的脂类分类、命名法和结构信息，还囊括了众多的脂质组定性定量方法。此外，它还提供了一些生物信息学分析工具，比如基于质谱的脂质定性工具，通过给定特定的m/z，或特征子离子信息，或二级谱图信息，可以预测可能的脂质分子；又比如可以管理、可视化及编辑脂质信号通路等。 Order by Date Name Attachments gr1_lrg • 379 kB • 140 click 30.04.2022MS-based lipidomics […]
估计阅读时长: 14 分钟 单细胞分析方法学习文献打卡记录： 【单细胞组学】PhenoGraph单细胞分型 【单细胞分析方法】VeTra：基于RNA速度的轨迹推断工具 【单细胞分析方法】单细胞图嵌入 Order by Date Name Attachments Cellular populations during motor neuron differentiation • […]
估计阅读时长: 8 分钟 在之前的BioDeep代谢物数据库整合工作之中，所提取的代谢物注释信息的唯一编码是来自于数据库表之中的递增主键。由于数据库之中的递增主键的唯一编码值是与数据内容完全无关的数据，所以在基于图数据库做数据库整合的结果在两次整合操作之后，可能会因为先后输出顺序不一致的原因，得到的在关系型数据库中的唯一递增编号可能会完全不一样了。这个问题会对数据库更新操作造成非常大的困扰。 Order by Date Name Attachments 450px-Hash_table_5_0_1_1_1_1_1_LL • 26 kB • 118 click 16.04.2022metadata-table • 58 […]
估计阅读时长: 7 分钟 Assembles a manifold that is defined through a series of overlapping, locally-defined PCA subspaces. Non-mutual k-nearest-neighborhoods […]
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Cool + for the post
老师提到的这个问题，我这几天会写一个使用教程，老师后面可以用教程中对应的demo示例来了解下功能的使用
空间Spot结果在下载到的mzkit文件夹中有示例吗？我试了试，不是10X结果中的tissue_positions_list.csv（软件选择此文件，直接error）；在默认结果中也没找到类似的文件；
目前软件上提供了用于手动关联空间转录组数据和空间代谢组数据的功能，使用具体的功能可以通过成像画布上通过右键菜单依次打开【Samples】->【Add Spatial Tile】加载Space Ranger的空间斑点结果：在软件上进行手动旋转调整位置完成两个空间组学之间的空间位置关联，然后老师这边拿到空间位置关联信息后，就可以按照斑点的空间位置对应关系导出表达数据做关联分析了