估计阅读时长: 10 分钟 https://github.com/xieguigang/ms-imaging Order by Date Name Attachments HR2MSI_mouse_urinary_bladder_S096_RGB • 7 MB • 141 click 13.11.2021peerj-cs-07-585 • 16 […]
估计阅读时长: 14 分钟 https://github.com/rsharp-lang/ggplot 之前在阅读一篇单细胞组学数据分析的文献，觉得在文献之中有一些三维散点图用于展示降维聚类结果的效果非常的好看。于是自己在R#语言之中的ggplot程序包的2D绘图的功能基础之上，进行了三维图形数据可视化功能的开发。 (A) t-SNE map projecting myeloid cells from BC1-8 patients (all tissues). Cells are colored […]
waiting and waiting.
Cool + for the post
老师提到的这个问题，我这几天会写一个使用教程，老师后面可以用教程中对应的demo示例来了解下功能的使用
空间Spot结果在下载到的mzkit文件夹中有示例吗？我试了试，不是10X结果中的tissue_positions_list.csv（软件选择此文件，直接error）；在默认结果中也没找到类似的文件；
目前软件上提供了用于手动关联空间转录组数据和空间代谢组数据的功能，使用具体的功能可以通过成像画布上通过右键菜单依次打开【Samples】->【Add Spatial Tile】加载Space Ranger的空间斑点结果：在软件上进行手动旋转调整位置完成两个空间组学之间的空间位置关联，然后老师这边拿到空间位置关联信息后，就可以按照斑点的空间位置对应关系导出表达数据做关联分析了