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Docker镜像信息
GCModeller以R#
dotnet环境：.NET 6
R#
R#
| 索引 | 包名称 | Github |
|---|---|---|
| 1 | GCModeller | https://github.com/SMRUCC/GCModeller |
| 2 | REnv | https://github.com/rsharp-lang/R-sharp |
| 3 | ggplot | https://github.com/rsharp-lang/ggplot |
| 4 | WorkflowRender | https://github.com/rsharp-lang/WorkflowRender |
| 5 | CellRender | https://github.com/SMRUCC/cell-render |
| 6 | Erica | https://github.com/SMRUCC/Erica |
开发环境：Windows Server 2022/WSL2/Docker Desktop
第三方软件安装
在镜像中有第三方软件依赖：
1. NCBI blast+
用于细胞网络结构的同源建模
# /opt/ncbi-blast-2.14.0+2. meme suite
用于全基因组转录表达调控网络的建立，安装命令记录：
# export PATH=/opt/meme/bin:/opt/meme/libexec/meme-5.5.2:$PATH
./configure --prefix=/opt/meme --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
# run test
/opt/meme/bin/meme ./upstream_locis.fasta -dna -revcomp -pal -mod zoops -minw 6 -maxw 30 -nmotifs 1000 -evt 1 -minsites 6 -p 16 -maxsize 0 -oc ./meme3. open mpi
安装Open MPI应用于第三方组件的并行计算环境，在这个镜像之中是直接通过Ubuntu自带的软件源进行安装：
apt-get install openmpi-bin
# for fix the problem:
# fatal error: mpi.h: No such file or directory #include <mpi.h>
apt-get install libopenmpi-dev
高级数据科学家 at 苏州帕诺米克
Working on Engineered bacteria CAD design on its genome from scratch. Writing scientific computing software for Tianhe & Sunway TaihuLight supercomputer. Do scientific computing programming in R/R# language, he is also the programming language designer of the R# language on the .NET runtime.
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