【GCModeller】Docker镜像开发记录

Docker镜像信息

GCModeller以R#语言的软件包的形式提供给客户使用，相应的R#语言的分析环境以Docker镜像的形式进行打包盒发布，Docker的基础镜像为ubuntu 22.04。

dotnet环境：.NET 6
R#语言安装位置：/usr/local/bin
R#程序包安装列表：

开发环境：Windows Server 2022/WSL2/Docker Desktop

第三方软件安装

在镜像中有第三方软件依赖：

1. NCBI blast+

用于细胞网络结构的同源建模

# /opt/ncbi-blast-2.14.0+

2. meme suite

用于全基因组转录表达调控网络的建立，安装命令记录：

# export PATH=/opt/meme/bin:/opt/meme/libexec/meme-5.5.2:$PATH
./configure --prefix=/opt/meme --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
# run test
/opt/meme/bin/meme ./upstream_locis.fasta -dna -revcomp -pal -mod zoops -minw 6 -maxw 30 -nmotifs 1000 -evt 1 -minsites 6 -p 16 -maxsize 0 -oc ./meme

3. open mpi

安装Open MPI应用于第三方组件的并行计算环境，在这个镜像之中是直接通过Ubuntu自带的软件源进行安装：

apt-get install openmpi-bin
# for fix the problem:
# fatal error: mpi.h: No such file or directory #include <mpi.h>
apt-get install libopenmpi-dev

• Author
• Recent Posts

谢桂纲

高级数据科学家 at 苏州帕诺米克

Working on Engineered bacteria CAD design on its genome from scratch. Writing scientific computing software for Tianhe & Sunway TaihuLight supercomputer. Do scientific computing programming in R/R# language, he is also the programming language designer of the R# language on the .NET runtime.

Latest posts by 谢桂纲 (see all)

• 【MZKit】简单自动化组织分区 - 2023年11月5日
• 【MZKit教程】质谱成像原始数据文件查看 - 2023年6月29日
• 生物序列图嵌入算法 - 2023年6月29日