【GCModeller】Docker镜像开发记录

GCModellerLinux运维开发笔记
谢桂纲 -
1:14 AM
估计阅读时长: 2 分钟

Docker镜像信息

GCModeller以R#语言的软件包的形式提供给客户使用，相应的R#语言的分析环境以Docker镜像的形式进行打包盒发布，Docker的基础镜像为ubuntu 22.04。

dotnet环境：.NET 6
R#语言安装位置：/usr/local/bin
R#程序包安装列表：

索引 包名称 Github
1 GCModeller https://github.com/SMRUCC/GCModeller
2 REnv https://github.com/rsharp-lang/R-sharp
3 ggplot https://github.com/rsharp-lang/ggplot
4 WorkflowRender https://github.com/rsharp-lang/WorkflowRender
5 CellRender https://github.com/SMRUCC/cell-render
6 Erica https://github.com/SMRUCC/Erica

开发环境：Windows Server 2022/WSL2/Docker Desktop

第三方软件安装

在镜像中有第三方软件依赖：

1. NCBI blast+

用于细胞网络结构的同源建模

# /opt/ncbi-blast-2.14.0+

2. meme suite

用于全基因组转录表达调控网络的建立，安装命令记录：

# export PATH=/opt/meme/bin:/opt/meme/libexec/meme-5.5.2:$PATH
./configure --prefix=/opt/meme --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
# run test
/opt/meme/bin/meme ./upstream_locis.fasta -dna -revcomp -pal -mod zoops -minw 6 -maxw 30 -nmotifs 1000 -evt 1 -minsites 6 -p 16 -maxsize 0 -oc ./meme

3. open mpi

安装Open MPI应用于第三方组件的并行计算环境，在这个镜像之中是直接通过Ubuntu自带的软件源进行安装：

apt-get install openmpi-bin
# for fix the problem:
# fatal error: mpi.h: No such file or directory #include <mpi.h>
apt-get install libopenmpi-dev
谢桂纲
Latest posts by 谢桂纲 (see all)
Views: 4,465
打赏微海报分享
dockerGCModellerubuntu

No responses yet

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

博客文章
November 2026
S M T W T F S
1234567
891011121314
15161718192021
22232425262728
2930  

  1. 代谢组学那堆名词我上次查资料时也手抄过一页，QC 样本、保留时间、m/z 这些混在一张表里，来回对照着看特别费劲。你这篇把英文缩写和中文解释排在一起，省了我不少翻文献的功夫，尤其是代谢物鉴定那几段。

  2. 文中提出的"能否基于单细胞数据分析方法来分析和可视化我的基因组功能嵌入的结果矩阵呢？"让我想到一个需要先厘清的问题：把Family层级的分类当作细胞分群标签时，功能相似性与亲缘关系可能会混在一起，图上的聚集未必能直接解释为代谢功能接近。如果借用单细胞分析中的降维流程，是否可以同时标注物种分类和基因组注释完整度，看看分离主要对应哪一种差异？尤其是这里用的是EC注释的TF-IDF矩阵，缺少某项注释究竟代表功能缺失还是未被识别，也可能影响对分群结果的判断。

  4. Greetings! I stumbled upon this really useful site and figured I'd thanks for you post at here.