估计阅读时长: 12 分钟https://github.com/xieguigang/Microsoft.VisualBasic.Drawing 最近在Linux服务器上面搞数据分析,因为Linux服务器只能够是通过SSH远程登陆上去的,没有图形化界面,所以想查看生成的结果图的话,只能够将图片文件通过FileZilla工具从服务器上下载下来在本地查看。这种方法非常的繁琐,至少相对于在服务器上跑完了程序后直接查看结果这样子的操作要复杂一些。 如果要能够直接在Linux服务器上查看图片,可行的一个方法就是,如果你有服务器的Root权限的话,可以将你的目录通过smb协议共享出来,在windows上挂在为共享文件夹,这样子在Linux服务器上跑完命令后,再回到Windows的Explorer程序上刷新一下。但是这个对于网络地理位置较远的服务器而言,可能网络速度不是很好,对于几十兆的图片结果文件,可能刷新会存在延迟,你可能需要刷新好几次才会更新Windows上的图片缩略图;并且通过smb开放共享文件夹你还需要记住smb的第二套账号密码,如果账号密码过于简单,那么你的Linux服务器上的数据安全性就会存在问题。 另一个方案就是通过SSH-FS方案,通过你的ssh账号将远程Linux服务器挂载为本地硬盘,来查看服务器上生成的图片文件。但是这个也和上面的方案一样会受限于网络传输速度的影响。 看来,我们只能够在Linux的终端上想办法来进行图片文件的查看了。
估计阅读时长: 8 分钟为了能够稳定的使用Ubuntu系统作为我的测试环境,我专门安装了Ubuntu的2404 LTS版本。但是发现虽然是LTS版本,仍然会因为系统更新而出现各种莫名奇妙的BUG。例如,在今天我为了安装软件,使用apt upgrade更新系统环境之后,出现了下面的消息:
估计阅读时长: 2 分钟Docker镜像信息 GCModeller以R#语言的软件包的形式提供给客户使用,相应的R#语言的分析环境以Docker镜像的形式进行打包盒发布,Docker的基础镜像为ubuntu 22.04。 dotnet环境:.NET 6 R#语言安装位置:/usr/local/bin R#程序包安装列表: 索引 包名称 Github 1 GCModeller https://github.com/SMRUCC/GCModeller 2 REnv https://github.com/rsharp-lang/R-sharp […]
估计阅读时长: 6 分钟CentOS查看系统版本信息 cat /etc/redhat-release # CentOS Stream release 8 cat /proc/version # Linux version 4.18.0-489.el8.x86_64 (mockbuild@x86-05.stream.rdu2.redhat.com) (gcc […]
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  1. 代谢组学那堆名词我上次查资料时也手抄过一页,QC 样本、保留时间、m/z 这些混在一张表里,来回对照着看特别费劲。你这篇把英文缩写和中文解释排在一起,省了我不少翻文献的功夫,尤其是代谢物鉴定那几段。

  2. 文中提出的"能否基于单细胞数据分析方法来分析和可视化我的基因组功能嵌入的结果矩阵呢?"让我想到一个需要先厘清的问题:把Family层级的分类当作细胞分群标签时,功能相似性与亲缘关系可能会混在一起,图上的聚集未必能直接解释为代谢功能接近。如果借用单细胞分析中的降维流程,是否可以同时标注物种分类和基因组注释完整度,看看分离主要对应哪一种差异?尤其是这里用的是EC注释的TF-IDF矩阵,缺少某项注释究竟代表功能缺失还是未被识别,也可能影响对分群结果的判断。

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