估计阅读时长: 5 分钟https://github.com/xieguigang/Darwinism 最近在做一个代谢组学的数据分析程序,由于需要被分析的质谱原始数据的计算量非常大,所以肯定会需要上并行计算。在并行计算中,分为两种模式:线程并行以及进程并行。 关于如果选择脚本代码的并行模式,我在这里借用了matlab文档网站里面的一张图来给大家做参考: 《Choose Between Thread-Based and Process-Based Environments》
估计阅读时长: 3 分钟在BILIBILI上观看视频:《【GCModeller教程】基因组GO功能注释原理》 哈喽,各位小伙伴们好啊,你们可爱的六神无主鸠今天又开新课了。今天主要为大家讲解的内容是GO基因功能注释的原理和操作。在开始今天的新视频前,我先为大家来讲一个圣经中的神话: 大洪水过去后, 诺亚的三个儿子的后裔形成了人类的三大支系,居住在世界各地,遍布地面。那时候人们的语言、口音都没有分别。他们在往东边迁移的时候,在示拿这个地方遇见一片平原,就在那里住下。因为在平原上,用作建筑的石料很不易得到,他们就发明了制造砖的方法,用泥作成方块,再用火烧透,他们就拿砖当石头,又拿石漆当灰泥,建造起繁华的巴比伦城。 人们为自己的业绩感到骄傲,他们决定在巴比伦修一座通天的高塔,来传颂自己的赫赫威名,并作为集合全天下弟兄的标记,以免分散。因为大家语言相通,同心协力,阶梯式的通天塔修建得非常顺利,很快就高耸入云。 上帝是不允许凡人达到自己的高度的。他看到人们这样统一强大,心想,他们语言都一样,如果真修成宏伟的通天塔,那以后还有什么事干不成呢? 必须制止人类接近自己的狂妄。上帝就离开天国到人间,变乱了人们的语言。人们各自操起不同的语言,感情无法交流,思想很难统一。修造工程因语言纷争而停止了,通天塔的建造终于半途而废了。
估计阅读时长: 2 分钟在BILIBILI上观看视频:《【GCModeller教程】基因组功能富集计算原理》
估计阅读时长: 2 分钟在BILIBILI上观看视频:《【GCModeller教程】KEGG代谢途径注释原理 (重置版)》
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  1. 代谢组学那堆名词我上次查资料时也手抄过一页,QC 样本、保留时间、m/z 这些混在一张表里,来回对照着看特别费劲。你这篇把英文缩写和中文解释排在一起,省了我不少翻文献的功夫,尤其是代谢物鉴定那几段。

  2. 文中提出的"能否基于单细胞数据分析方法来分析和可视化我的基因组功能嵌入的结果矩阵呢?"让我想到一个需要先厘清的问题:把Family层级的分类当作细胞分群标签时,功能相似性与亲缘关系可能会混在一起,图上的聚集未必能直接解释为代谢功能接近。如果借用单细胞分析中的降维流程,是否可以同时标注物种分类和基因组注释完整度,看看分离主要对应哪一种差异?尤其是这里用的是EC注释的TF-IDF矩阵,缺少某项注释究竟代表功能缺失还是未被识别,也可能影响对分群结果的判断。

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