估计阅读时长: 9 分钟 https://gcmodeller.org 在这篇博客文章之中,我主要是来详细介绍一下是如何从头开始实现Phenograph单细胞分型算法的。在之前的一篇博客文章《【单细胞组学】PhenoGraph单细胞分型》之中,我们介绍了Phenograph算法的简单原理,以及一个在R语言之中所实现的Phenograph算法的程序包Rphenograph。在这里我主要是详细介绍在GCModeller软件之中所实现的VisualBasic语言版本的Phenograph单细胞分型算法。 Attachments Rphenograph • 236 kB • 59 click 20.09.2021
估计阅读时长: 4 分钟 之前在阅读一个使用rust语言编写的contour tracing算法模块的源代码的时候,其中有一个向量的左旋以及右旋的操作。这个操作的具体的含义是和在算法中的轮廓边缘像素的读取方向有关:因为访问方向是一个二维平面的概念,但是在代码中我们只能够使用一个一维的数组的来存储这个二维的信息。所以在这段rust代码之中,作者很巧妙的使用了向量的左旋以及右旋操作来实现一维数组中对二维平面上的方位的访问操作。 Order by Date Name Attachments RotateVector • 30 kB • 68 click 16.09.2021Full • […]
HR2MSI mouse urinary bladder S096 - spatial regions
估计阅读时长: 7 分钟 https://github.com/xieguigang/sciBASIC 最近在研究实现空间代谢组学中的一些特征区域的自动化划分分割。在得到了特征点集合之后,我们需要根据一些图像处理算法进行特征区域的提取操作。之前,我们尝试过基于绘制等高线图Marching Squares算法的方式来将特征点集合自动转换为特征区域的多边形,实现轮廓扫描获取的功能。但是实现的效果嘛,和实际的区域存在着一些较大的差异。 Order by Date Name Attachments HR2MSI mouse urinary bladder S096 - spatial regions […]
估计阅读时长: 10 分钟 https://github.com/xieguigang/sciBASIC 最近在空间代谢组学中的质谱成像应用开发过程中,会需要使用到一些图像处理算法对原始的质谱成像结果图片进行诸如平滑,放大等处理。顺着图像平滑的算法搜索,通过搜索引擎找到了一个年代比较久远的图像处理算法博客文章,将其中的图像算法重新实现了一下,在这里分享给大家。 Order by Date Name Attachments lena • 558 kB • 68 click 10.09.2021lenalena • […]
Electron micrographs of Synechococcus
估计阅读时长: 7 分钟 https://gcmodeller.org/ 流平衡分析(flux balance analysis)是一种可以用来构建和模拟分析基因组级别的代谢网络的数学方法。流平衡分析是系统生物学(system biology)的一个重要的分析手段。不同于以湿实验的代谢通量分析(metabolic flux analysis, MFA),FBA是用数学方法对代谢网络里的代谢流进行拟合分析。 Order by Date Name Attachments Electron micrographs of […]
估计阅读时长: 6 分钟 https://github.com/xieguigang/sciBASIC 在实际应用的机器学习方法里,GradientTree Boosting (GBDT)是一个在很多应用里都很出彩的技术。XGBoost是一套提升树可扩展的机器学习系统。XGBoost全名叫(eXtreme Gradient Boosting)极端梯度提升。它是大规模并行boosted tree的工具,XGBoost 所应用的算法就是 GBDT(gradient boosting decision tree)的改进,既可以用于分类也可以用于回归问题中。 Order by Date Name […]
FBA knowledge network
估计阅读时长: 5 分钟 https://github.com/rsharp-lang/bing-academic 我们在进行一个新的课题项目开始之前,会需要经历过一个开题立项的报告过程。在这个过程之中,我们需要收集与课题相关的信息,例如相关的知识背景信息,建立出一个与课题相关的知识网络。基于此知识网络进行课题的技术相关概念的梳理。 Order by Date Name Attachments v2-8119594eef2838042df8fb5af0523c0c_720w • 126 kB • 72 click 15.08.2021v2-96d82f034d4084cf1ed6eb4784f36ed4_r • […]
估计阅读时长: 6 分钟 https://github.com/rsharp-lang/bing-academic 必应学术是由微软必应团队联合微软研究院打造的免费学术搜索产品。旨在为广大研究人员提供海量的学术资源,并提供智能的语义搜索服务。目前已涵盖多学科学术论文、国际会议、权威期刊、知名学者等方面。搜索位置:http://cn.bing.com/academic。 Order by Date Name Attachments Bing_Logo • 14 kB • 65 click 14.08.2021html-compression • […]
估计阅读时长: 9 分钟 https://github.com/xieguigang/sciBASIC 层次聚类通过计算不同类别数据点间的相似度来创建一棵有层次的嵌套聚类树。基于层次聚类分析,我们可以初步可视化我们的一些原始数据: 例如对样本的层次聚类分类,可以让我们了解到样本在分组之间以及分组内的异质性。 对生物序列进行基于相似度的层次聚类分析,我们可以了解到序列之间的相似性程度或者进化关系 Order by Date Name Attachments metabolome • 14 kB • 77 click […]
估计阅读时长: 10 分钟 https://github.com/xieguigang/sciBASIC/ 线性规划(Linear programming,简称LP),是运筹学中研究较早、发展较快、应用广泛、方法较成熟的一个重要分支,它是辅助人们进行科学管理的一种数学方法。研究线性约束条件下线性目标函数的极值问题的数学理论和方法。 Order by Date Name Attachments linear-programming-example • 22 kB • 77 click 11.08.2021lppsolve_screen […]