访问在线服务: http://metdna.zhulab.cn/ Metabolite identification is the long-standing challenge for liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS)-based untargeted metabolomics. Here, […]
在BILIBILI上观看视频:【空间代谢组学】AP-MALDI 质谱成像技术介绍 哈啰,大家好呀,鸽了大半年之后,你们的小姐姐又回来啦。为了更好的制作出质量更高的视频,你们的六神无主鸠小姐姐呀,在这大半年的时间里面一直在努力的学习新技术。经过半年的钻研学习,收获满满。谈到最近几年的热门尖端技术,大家都会谈论到空间转录组和单细胞技术。一般而言,代谢组学的发展要稍微滞后于转录组学研究。最近一年呢,随着空间转录组的热度的降低,空间代谢组的热潮也终于姗姗来迟终于到来了。今天呢,我想要为大家介绍的是在最近几年内出现的,目前比较火热的空间代谢组学研究领域内的质谱成像技术。 Order by Date Name Attachments 3D-MS-imaging-using-dual-beam-and-dual-spectrometer-mode-10-of-single-rat-alveolar • 99 kB • 9 click 06.05.2022Microsoft […]
目前我们根据质谱数据进行代谢物ROI注释分析,很大一部分的工作是建立在已经可以被纯化的化合物的纯标准品所建立的标准品库数据的比对操作之上的。但是依赖于质谱参考谱图数据库所完成的代谢物注释分析,也仅能够得到很小的一部分结果,因为能够纯化或者合成的化合物在整个自然界中目前只占比较小的一部分。并且购买标准品也会需要耗费大量的实验室资金预算。 Order by Date Name Attachments MZKit-DevTools • 36 kB • 16 click 20.03.2022MZKit-DevTools-console • 51 […]
https://github.com/xieguigang/ms-imaging Order by Date Name Attachments HR2MSI_mouse_urinary_bladder_S096_RGB • 7 MB • 40 click 13.11.2021peerj-cs-07-585 • 16 […]
https://github.com/xieguigang/ms-imaging Mass spectrometry imaging ( MSI) is a technique used in mass spectrometry to visualize the […]
HR2MSI mouse urinary bladder S096 - spatial regions
https://github.com/xieguigang/sciBASIC 最近在研究实现空间代谢组学中的一些特征区域的自动化划分分割。在得到了特征点集合之后,我们需要根据一些图像处理算法进行特征区域的提取操作。之前,我们尝试过基于绘制等高线图Marching Squares算法的方式来将特征点集合自动转换为特征区域的多边形,实现轮廓扫描获取的功能。但是实现的效果嘛,和实际的区域存在着一些较大的差异。 Order by Date Name Attachments HR2MSI mouse urinary bladder S096 - spatial regions […]
https://mzkit.org/ 代谢组文章整个坎坷的发表经历中,大家可能都会遇到的一个老大难问题就是我们有时候会需要从原始数据中得到物质注释结果的二级质谱图数据。对于熟悉xcms程序包的同学,获取二级质谱图可能会比较容易:无非就是加载原始数据,然后按照m/z和rt找到对应的二级scan就好了。但是,这种方法会需要编写脚本来完成。 Order by Date Name Attachments TIC [B070.mzML] • 75 kB • 36 click 04.08.2021TIC_BPC […]
https://mzkit.org mzkit软件是我最近开发的一款开源的代谢组学领域内的原始数据文件查看工具。开发mzkit软件的初衷是为了更方便的查看很大的非靶向原始数据文件:因为在开发mzkit软件之前,在开发LCMS的代谢物注释脚本或者建立标准品库数据的时候,如果我想要查看或者导出文件中的一些质谱图碎片信息,会需要通过R环境之中的xcms程序包编程来完成。通过R脚本来查看原始数据文件,非常的不方便。所以就有了mzkit软件项目的诞生。 Order by Date Name Attachments BPC_overlay • 114 kB • 34 click 01.07.2021LCMS_scanTree • […]
https://github.com/xieguigang/sciBASIC 等高线指的是地形图上高程相等的相邻各点所连成的闭合曲线。把地面上海拔高度相同的点连成的闭合曲线,并垂直投影到一个水平面上,并按比例缩绘在图纸上,就得到等高线。 Order by Date Name Attachments 1_Contour • 487 kB • 39 click 30.06.2021Ms1Contour • […]
https://github.com/xieguigang/sciBASIC 应用程序管线模式就是我们将执行时间比较长,计算任务比较重量级的代码放到一个新的子进程之中执行。通过子进程进行任务执行的应用程序管线模式在各个操作系统上的大型应用程序中都会涉及到。 Order by Date Name Attachments processexplorer • 206 kB • 43 click 26.06.2021vs_pipeline • […]
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