估计阅读时长: 5 分钟 一般而言,进行全基因组的转录表达调控网络的建立,我们需要基于两个数据结果来完成: 目标基因的转录调控位点信息(Motif搜索结果,构成网络之中的节点) 转录调控位点相应的转录调控因子(Motif位点相关的转录调控因子,构成网络之中的边连接) Order by Date Name Attachments Xor • 271 kB • 10 click 11.06.2022An […]
估计阅读时长: 5 分钟 https://github.com/rsharp-lang/ggplot 在进行复杂关系的数据集进行可视化的时候,通过网络图的方式进行数据可视化可以让我们非常直观的借助于网络节点的聚集程度之类的布局信息了解到我们的复杂数据的关系结构信息。最近将R#语言之中的ggplot包进行网络可视化的代码库进行了一些更新。基于此功能更新工作,目前在ggplot程序包之中成功集成了ggraph程序包类似的网络可视化功能。在这里做了一些总结分享给大家。 Order by Date Name Attachments enrichNetwork_ggraph • 70 kB • 14 click 01.06.2022enrichNetwork_ggraph2 • […]
估计阅读时长: 4 分钟 访问在线服务: http://metdna.zhulab.cn/ Metabolite identification is the long-standing challenge for liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS)-based untargeted metabolomics. Here, […]
Figure 6 scTDA analysis of mouse and human developmental data sets.
估计阅读时长: 9 分钟 单细胞分析方法学习文献打卡记录: 【单细胞组学】PhenoGraph单细胞分型 【单细胞分析方法】VeTra:基于RNA速度的轨迹推断工具 【单细胞分析方法】单细胞图嵌入 Order by Date Name Attachments Cellular populations during motor neuron differentiation • […]
Single-cell mapping of gene expression landscapes and lineage in the zebrafish embryo
估计阅读时长: 4 分钟 Assembles a manifold that is defined through a series of overlapping, locally-defined PCA subspaces. Non-mutual k-nearest-neighborhoods […]
估计阅读时长: 3 分钟 https://github.com/xieguigang/graphQL 构建一个图数据库,可以用来帮我们解决复杂的知识关联计算问题。例如我们想要程序向我们回答dihydrogen oxide与water是否是同一个东西。如果光从字符串比较角度上面来看待这个问题的话,很显然,二者的字符串比较结果肯定是False。面对上面的这个问题,图数据库则可以很简单的向我们回答道上面的两个字符串都是指代的同一个东西。 Order by Date Name Attachments tumblr_inline_mqvdlydGCp1qz4rgp • 124 kB • 33 click 05.03.2022Capture […]
FBA knowledge network
估计阅读时长: 5 分钟 https://github.com/rsharp-lang/bing-academic 我们在进行一个新的课题项目开始之前,会需要经历过一个开题立项的报告过程。在这个过程之中,我们需要收集与课题相关的信息,例如相关的知识背景信息,建立出一个与课题相关的知识网络。基于此知识网络进行课题的技术相关概念的梳理。 Order by Date Name Attachments v2-8119594eef2838042df8fb5af0523c0c_720w • 126 kB • 45 click 15.08.2021v2-96d82f034d4084cf1ed6eb4784f36ed4_r • […]
Metavirome network
估计阅读时长: 7 分钟 https://github.com/xieguigang/sciBASIC Louvain算法是基于模块度的网络节点集群发现算法。该算法在效率和效果上都表现较好,并且能够发现层次性的网络节点集群结构,其优化目标是最大化整个网络集群模块的模块度(Modularity)。 Order by Date Name Attachments graph • 2 MB • 44 click 07.08.2021Metavirome network […]