估计阅读时长: 5 分钟 在工作之中可能会遇到需要进行两个网络图对象之间的相似度计算的情形:例如在质谱数据分析的化学信息学计算工作之中,我们在解析SMILES字符串得到分子图之后,可以基于图相似度比较计算方法来比较计算两个代谢物分子图之间的结构上的相似度。 Attachments pone.0078360.g003 • 2 MB • 207 click 06.08.2022https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0078360
估计阅读时长: 4 分钟 在代谢组学领域内,LCMS原始数据分析一般分为非靶向全扫原始数据,以及仅针对某些离子进行扫描的MRM靶向质谱数据。虽然二者都是基于LCMS方法进行实验,但是MRM靶向数据由于在事先已经通过实验确定,得到了Q1和Q3离子对信息,所以可以仅针对某一些特定代谢物进行检测。因为MRM数据是针对于某些代谢物检测的靶向数据,所以其XIC谱图在没有同分异构体存在的情况下,一般是很纯净的目标化合物的检测结果数据。所以在原始数据分离,定量计算方面都要比非靶向全扫结果数据要容易很多。 Order by Date Name Attachments xcms-logo-white • 183 kB • 192 click 01.07.2022lcmspreproc_slides_1.2 • 136 […]
估计阅读时长: 7 分钟 热图(Heat Map)是在二维空间中以颜色的形式显示一个现象的绝对量一种数据可视化技术。颜色的变化可能是通过色调或强度,给读者提供明显的视觉提示,说明现象是如何在空间上聚集或变化的。热图有两种完全不同的类别:聚集热图和空间热图。 在聚集热图中,幅度被排列成一个固定单元格大小的矩阵,其行和列是离散的现象和类别,行和列的排序是有意的,而且有些随意,目的是暗示聚集或描绘出通过统计分析发现的聚集。单元格的大小是任意的,但足够大,可以清晰可见。 相比之下,空间热图中某一量级的位置是由该量级在该空间中的位置所决定的,没有单元的概念,现象被认为是连续变化的。 Order by Date Name Attachments 2D-cubic-spline-interpolation-of-mass-profiles-from-1939-to-2354-UT-and-between-16 • 112 kB • 268 click […]
估计阅读时长: 14 分钟 https://github.com/rsharp-lang/ggplot 在完成了前面所提到的ANOVA检验模块的代码开发编写工作之后,之前一直悬在我心里面的完善R#语言的ggplot统计作图功能的愿望现在终于实现了。在R#语言之中通过使用ggplot代码库进行相应的数据统计分析作图,目前已经变得和R语言之中的ggplot2程序包那样同样的简单和漂亮。 Order by Date Name Attachments myeloma_bar • 196 kB • 258 click 29.05.2022myeloma_box • […]
估计阅读时长: 14 分钟 一般而言,如果我们在进行组学数据分析的时候,如果想要比较两组数据之间是否存在有差异性,一般是对两两比较的两组数据进行T-检验。但是在代谢组学数据分析领域内,则很多的组学数据分析情况为比较两组以上的数据,寻找差异的biomarker。那这个时候就需要使用上ANOVA统计检验方法了。 Order by Date Name Attachments anova • 105 kB • 361 click 28.05.2022ANOVA-screen • 27 […]
估计阅读时长: 7 分钟 假设现在存在有这样子的一个人群等位基因统计结果信息表格: Populations AA Aa aa Subpopulation 1 125 250 125 Subpopulation 2 50 30 20 Subpopulation […]
估计阅读时长: 14 分钟 单细胞分析方法学习文献打卡记录: 【单细胞组学】PhenoGraph单细胞分型 【单细胞分析方法】VeTra:基于RNA速度的轨迹推断工具 【单细胞分析方法】单细胞图嵌入 Order by Date Name Attachments Cellular populations during motor neuron differentiation • […]
估计阅读时长: 7 分钟 Assembles a manifold that is defined through a series of overlapping, locally-defined PCA subspaces. Non-mutual k-nearest-neighborhoods […]
在mysql之中,针对24小时内的数据按照半个小时进行一次统计数量: ```sql SELECT DATE_FORMAT(FROM_UNIXTIME(FLOOR(UNIX_TIMESTAMP(add_time) / 1800) * 1800), '%Y-%m-%d %H:%i') AS half_hour, COUNT(*) AS count FROM user_track.page_view WHERE add_time >=…
针对图对象进行向量化表示嵌入: 首先,通过node2vec方法,将node表示为向量 第二步,针对node向量矩阵,进行umap降维计算,对node进行排序,生成node排序序列 第三步,针对node排序序列进行SGT序列图嵌入,实现将网络图对象嵌入为一维向量
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