Figure 3. MetaMapp of the metabolic modules that were altered in E. coli grown in galactose.
估计阅读时长: < 1 分钟 在工作之中可能会遇到需要进行两个网络图对象之间的相似度计算的情形:例如在质谱数据分析的化学信息学计算工作之中,我们在解析SMILES字符串得到分子图之后,可以基于图相似度比较计算方法来比较计算两个代谢物分子图之间的结构上的相似度。 Attachments pone.0078360.g003 • 2 MB • 20 click 06.08.2022https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0078360
估计阅读时长: 3 分钟 在代谢组学领域内,LCMS原始数据分析一般分为非靶向全扫原始数据,以及仅针对某些离子进行扫描的MRM靶向质谱数据。虽然二者都是基于LCMS方法进行实验,但是MRM靶向数据由于在事先已经通过实验确定,得到了Q1和Q3离子对信息,所以可以仅针对某一些特定代谢物进行检测。因为MRM数据是针对于某些代谢物检测的靶向数据,所以其XIC谱图在没有同分异构体存在的情况下,一般是很纯净的目标化合物的检测结果数据。所以在原始数据分离,定量计算方面都要比非靶向全扫结果数据要容易很多。 Order by Date Name Attachments xcms-logo-white • 183 kB • 24 click 01.07.2022lcmspreproc_slides_1.2 • 136 […]
估计阅读时长: 4 分钟 访问在线服务: http://metdna.zhulab.cn/ Metabolite identification is the long-standing challenge for liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS)-based untargeted metabolomics. Here, […]
估计阅读时长: 2 分钟 在BILIBILI上观看视频:【空间代谢组学】AP-MALDI 质谱成像技术介绍 哈啰,大家好呀,鸽了大半年之后,你们的小姐姐又回来啦。为了更好的制作出质量更高的视频,你们的六神无主鸠小姐姐呀,在这大半年的时间里面一直在努力的学习新技术。经过半年的钻研学习,收获满满。谈到最近几年的热门尖端技术,大家都会谈论到空间转录组和单细胞技术。一般而言,代谢组学的发展要稍微滞后于转录组学研究。最近一年呢,随着空间转录组的热度的降低,空间代谢组的热潮也终于姗姗来迟终于到来了。今天呢,我想要为大家介绍的是在最近几年内出现的,目前比较火热的空间代谢组学研究领域内的质谱成像技术。 Order by Date Name Attachments 3D-MS-imaging-using-dual-beam-and-dual-spectrometer-mode-10-of-single-rat-alveolar • 99 kB • 37 click 06.05.2022Microsoft […]
估计阅读时长: 11 分钟 脂质的分类 LipidMAPS是美国国立卫生院推进的“脂质代谢途径研究计划”,涵盖目前最权威的脂类分类、命名法和结构信息,还囊括了众多的脂质组定性定量方法。此外,它还提供了一些生物信息学分析工具,比如基于质谱的脂质定性工具,通过给定特定的m/z,或特征子离子信息,或二级谱图信息,可以预测可能的脂质分子;又比如可以管理、可视化及编辑脂质信号通路等。 Order by Date Name Attachments gr1_lrg • 379 kB • 40 click 30.04.2022MS-based lipidomics […]
估计阅读时长: 3 分钟 目前我们根据质谱数据进行代谢物ROI注释分析,很大一部分的工作是建立在已经可以被纯化的化合物的纯标准品所建立的标准品库数据的比对操作之上的。但是依赖于质谱参考谱图数据库所完成的代谢物注释分析,也仅能够得到很小的一部分结果,因为能够纯化或者合成的化合物在整个自然界中目前只占比较小的一部分。并且购买标准品也会需要耗费大量的实验室资金预算。 Order by Date Name Attachments MZKit-DevTools • 36 kB • 50 click 20.03.2022MZKit-DevTools-console • 51 […]
估计阅读时长: 7 分钟 https://github.com/xieguigang/ms-imaging Mass spectrometry imaging ( MSI) is a technique used in mass spectrometry to visualize the […]
MS-Imaging in mzkit software
估计阅读时长: 3 分钟 http://mzkit.org/ 质谱成像是以质谱技术为基础的成像方法,该方法通过质谱直接扫描生物样品成像,可以在同一张组织切片或组织芯片上同时分析数百种分子的空间分布特征。 Order by Date Name Attachments HR2MSI mouse urinary bladder S096 - optical image • […]
估计阅读时长: 3 分钟 原始数据相关的 名词 全称 中文名 含义 mz mass to charge ratio 质荷比 精确分子质量与离子的电荷数量的比值。 rt retention time 保留时间 […]
估计阅读时长: 5 分钟 https://github.com/xieguigang/mzkit SMILES字符串是一种在计算化学领域内使用线性ASCII字符串描述一个具有空间立体结构的分子结构所使用的一种语言规范。因为在工作中会需要使用到SMILES字符串做一些分子结构相关的数据建模分析,所以编写了一个很方便的用于SMILES字符串解析操作的模块,在这篇文章中为大家讲解具体的工作原理。 Order by Date Name Attachments science-connection-structure-with-molecules-simple-modern-white-background-illustration_46577-719 • 36 kB • 89 click 09.06.2021abstract-molecules-structure-with-connect-spherical-particles_46577-689 • […]