估计阅读时长: 8 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC/tree/master/Data_science/Mathematica/SignalProcessing 进行峰识别是在代谢组学原始数据分析之中进行定量分析的很重要的一环。在代谢组学之中，定量分析分为靶向定量，以及非靶向定量计算这两大部分。 Order by Date Name Attachments Figure12.36 • 50 kB • 542 click 2021年7月10日view_signal • […]
估计阅读时长: 16 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC 等高线指的是地形图上高程相等的相邻各点所连成的闭合曲线。把地面上海拔高度相同的点连成的闭合曲线，并垂直投影到一个水平面上，并按比例缩绘在图纸上，就得到等高线。 Order by Date Name Attachments 1_Contour • 487 kB • 655 click 2021年6月30日Ms1Contour • […]
估计阅读时长: 23 分钟https://github.com/rsharp-lang/R-sharp 降维是将数据由高维约减到低维的过程而用来揭示数据的本质低维结构。它作为克服“维数灾难”的途径在这些相关领域中扮演着重要的角色。在过去的几十年里，有大量的降维方法被不断地提出并被深入研究，其中常用的包括传统的降维算法如PCA和MDS；流形学习算法如UMAP、t-SNE、ISOMAP、LE以及LTSA等。 Order by Date Name Attachments MNIST-LabelledVectorArray-60000x100 • 230 kB • 681 click 2021年6月27日MNIST-LabelledVectorArray-60000x100Euclidean_Distance • […]
估计阅读时长: 15 分钟https://github.com/xieguigang/Darwinism NetCDF文件格式（Network Common Data Format）是一种以network byteorder进行编码的CDF数据文件格式。其广泛应用于大气科学、水文、海洋学、环境模拟、地球物理等诸多数据科学计算分析领域内的数据存储。 Order by Date Name Attachments netcdf • 2 MB • […]
估计阅读时长: 15 分钟进行生物化学代谢反应网络的模拟计算，可以分为三种技术路线：基于线性规划做优化的FBA方法，基于常微分方程组求解的动力学模拟方法，以及最近发展的基于图神经网络做模拟计算的深度学习计算方法。在下面的表格中，在这里进行比较和总结了上面所提到的三种计算分析方法各自的计算原理和应用领域： 计算方法 原理 优势 适用场景 通量平衡分析（FBA） 基于约束条件（如化学计量矩阵、酶容量限制）和线性规划，在假设代谢网络处于稳态（即代谢物浓度不变）的前提下，计算代谢通量的分布，通常以最大化特定目标（如生物量生长）进行优化 1. 无需详细的酶动力学参数，特别适合大规模网络研究。2. 计算速度快，可系统性地预测基因敲除或环境扰动下的表型变化。3. 广泛应用于指导代谢工程，优化目标产物合成。 追求快速评估和全局优化：如果你的研究目标是在基因组尺度上快速评估微生物在不同条件下的生长或产物合成潜力，并且难以获取详细的动力学参数，FBA是一个非常实用的起点 动力学模拟 基于质量作用定律等构建常微分方程组（ODEs），描述每个代谢物浓度随时间变化的动力学过程，通过数值方法求解方程组 1. 能够捕捉代谢物浓度和通量的瞬态动态变化，揭示更精细的调控机制2. […]
估计阅读时长: 11 分钟https://github.com/SMRUCC/GCModeller 在R语言之中，存在着一个用于进行表达数据的时间序列分析的程序包：TCseq。TCseq的全称为Time course sequencing，即时间序列分析，通过对表达矩阵进行时间上的模糊CMeans聚类，得到表达变化趋势一致的基因列表，进行基因表达的时间趋势分析。 在GCModeller之中，我仿照着TCseq程序包，自己编写了一个时间序列的聚类与可视化分析的R#程序包模块，在这里介绍给大家。 Order by Date Name Attachments Gene expression pattern visualization • 2 […]
估计阅读时长: 4 分钟https://github.com/xieguigang/bclusterTree 对于二叉树，大家肯定不会陌生。二叉树其实就是一个有向无环图（有向：访问的方向是从父节点指向子节点；无环：子节点不会成为其父辈节点的父节点），大家可以从根节点一直往下访问到任意一个叶节点；节点间的方向是根据键值的比较的大小结果来建立的，大的值在右边，小的值在左边（《左迁与右迁》），零值在当前节点。 二叉树示意图来自于这篇博文《Self-balanced Binary Search Trees with AVL in JavaScript》 Order by Date Name Attachments Rplot […]
估计阅读时长: 3 分钟在BILIBILI上观看视频：《【GCModeller教程】基因组GO功能注释原理》 哈喽，各位小伙伴们好啊，你们可爱的六神无主鸠今天又开新课了。今天主要为大家讲解的内容是GO基因功能注释的原理和操作。在开始今天的新视频前，我先为大家来讲一个圣经中的神话： 大洪水过去后， 诺亚的三个儿子的后裔形成了人类的三大支系，居住在世界各地，遍布地面。那时候人们的语言、口音都没有分别。他们在往东边迁移的时候，在示拿这个地方遇见一片平原，就在那里住下。因为在平原上，用作建筑的石料很不易得到，他们就发明了制造砖的方法，用泥作成方块，再用火烧透，他们就拿砖当石头，又拿石漆当灰泥，建造起繁华的巴比伦城。 人们为自己的业绩感到骄傲，他们决定在巴比伦修一座通天的高塔，来传颂自己的赫赫威名，并作为集合全天下弟兄的标记，以免分散。因为大家语言相通，同心协力，阶梯式的通天塔修建得非常顺利，很快就高耸入云。 上帝是不允许凡人达到自己的高度的。他看到人们这样统一强大，心想，他们语言都一样，如果真修成宏伟的通天塔，那以后还有什么事干不成呢？ 必须制止人类接近自己的狂妄。上帝就离开天国到人间，变乱了人们的语言。人们各自操起不同的语言，感情无法交流，思想很难统一。修造工程因语言纷争而停止了，通天塔的建造终于半途而废了。 Order by Date Name Attachments gene_ontology_annotation • 576 kB […]
估计阅读时长: 2 分钟在BILIBILI上观看视频：《【GCModeller教程】基因组功能富集计算原理》 Order by Date Name Attachments 20190818_GSEA_release.mp4_20190921_225144.467 • 226 kB • 519 click 2021年5月30日Fisher Exact Test […]
估计阅读时长: 2 分钟在BILIBILI上观看视频：《【GCModeller教程】KEGG代谢途径注释原理 (重置版)》 Order by Date Name Attachments kegg_annotation • 468 kB • 594 click 2021年5月30日release.mp4_20190921_225235.396 • […]
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