估计阅读时长: < 1 分钟Order by Date Name Attachments HEStainModelPreviews • 361 kB • 222 click 2022年6月3日13546516212177 • 152 kB […]
Figure 6 scTDA analysis of mouse and human developmental data sets.
估计阅读时长: 14 分钟单细胞分析方法学习文献打卡记录: 【单细胞组学】PhenoGraph单细胞分型 【单细胞分析方法】VeTra:基于RNA速度的轨迹推断工具 【单细胞分析方法】单细胞图嵌入 Order by Date Name Attachments Cellular populations during motor neuron differentiation • […]
Single-cell mapping of gene expression landscapes and lineage in the zebrafish embryo
估计阅读时长: 7 分钟Assembles a manifold that is defined through a series of overlapping, locally-defined PCA subspaces. Non-mutual k-nearest-neighborhoods […]
VeTra: a tool for trajectory inference based on RNA velocity
估计阅读时长: 5 分钟单细胞轨迹可以揭示基因调控如何控制细胞命运:大多数细胞状态转变,无论是在发育,重编程或者是疾病异常状态,都以基因表达变化的级联为特征。 Order by Date Name Attachments vec • 722 kB • 289 click 2022年3月17日Slide10 • 14 […]
估计阅读时长: 15 分钟https://gcmodeller.org 在这篇博客文章之中,我主要是来详细介绍一下是如何从头开始实现Phenograph单细胞分型算法的。在之前的一篇博客文章《【单细胞组学】PhenoGraph单细胞分型》之中,我们介绍了Phenograph算法的简单原理,以及一个在R语言之中所实现的Phenograph算法的程序包Rphenograph。在这里我主要是详细介绍在GCModeller软件之中所实现的VisualBasic语言版本的Phenograph单细胞分型算法。 Attachments Rphenograph • 236 kB • 222 click 2021年9月20日
Automated Optimal Parameters for T-Distributed Stochastic Neighbor Embedding Improve Visualization and Allow Analysis of Large Datasets
估计阅读时长: 11 分钟PhenoGraph提供了与UMAP类似的算法过程进行单细胞组学数据的细胞分型处理操作。与UMAP方法相比,PhenoGraph并不会产生数据降维效果,仅仅产生数据点Cluster信息。如果需要将数据进行可视化,还需要借助于t-SNE算法将PhenoGraph的分型结果数据投影到一个二维平面上完成。 Order by Date Name Attachments Phenograph-image4 • 200 kB • 266 click 2021年8月9日Automated Optimal Parameters […]
博客文章
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  1. […] 在上面的工具调用消息数据结构中,我们可以清楚的看见有需要进行调用的工具名称,以及参数列表。当我们拿到这样子的调用信息后,就可以基于一定的规则找到需要执行的运行时中的函数来完成功能的实现。对于.NET平台上,我们一般是使用自定义属性加反射操作来解析相关的名称绑定结果。在.NET平台上对于这样子的一个根据调用信息来进行运行时解析和调用的方法,可以稍微参考《【Darwinism】Linux平台上的VisualBasic高性能并行计算应用的开发》的反射代码方法。 […]