估计阅读时长: 8 分钟在之前的BioDeep代谢物数据库整合工作之中，所提取的代谢物注释信息的唯一编码是来自于数据库表之中的递增主键。由于数据库之中的递增主键的唯一编码值是与数据内容完全无关的数据，所以在基于图数据库做数据库整合的结果在两次整合操作之后，可能会因为先后输出顺序不一致的原因，得到的在关系型数据库中的唯一递增编号可能会完全不一样了。这个问题会对数据库更新操作造成非常大的困扰。 Order by Date Name Attachments 450px-Hash_table_5_0_1_1_1_1_1_LL • 26 kB • 249 click 2022年4月16日metadata-table • 58 […]
估计阅读时长: 10 分钟https://github.com/xieguigang/ms-imaging Order by Date Name Attachments HR2MSI_mouse_urinary_bladder_S096_RGB • 7 MB • 280 click 2021年11月13日peerj-cs-07-585 • 16 […]
估计阅读时长: 14 分钟https://github.com/rsharp-lang/ggplot 之前在阅读一篇单细胞组学数据分析的文献，觉得在文献之中有一些三维散点图用于展示降维聚类结果的效果非常的好看。于是自己在R#语言之中的ggplot程序包的2D绘图的功能基础之上，进行了三维图形数据可视化功能的开发。 (A) t-SNE map projecting myeloid cells from BC1-8 patients (all tissues). Cells are colored […]
估计阅读时长: 11 分钟https://github.com/xieguigang/ms-imaging Mass spectrometry imaging ( MSI) is a technique used in mass spectrometry to visualize the […]
估计阅读时长: 17 分钟https://github.com/rsharp-lang/ggplot 接上一篇博客文章中谈到，我们已经通过R#语言之中的ggplot程序包绘制出了一个可以使用的火山图。在这里，我们将会通过在火山图上添加更多的可视化元素来为大家介绍R#语言之中的ggplot程序包的进阶使用方式。 Order by Date Name Attachments volcano • 651 kB • 298 click 2021年10月9日volcano • […]
估计阅读时长: 11 分钟https://github.com/rsharp-lang/ggplot 在生物信息学中的组学数据分析领域内，有一个非常常见的数据可视化图表：应用于可视化两两组别比对结果的火山图。在火山图之中，X坐标轴一般是log2FC，纵坐标Y轴，则一般是t检验的pvalue的-log10转换之后的值。由于fold change有大于1的值，A/B大于1，表示A的表达量高于B的表达量，反之小于一表示A的表达量低于B的表达量。这样子fold change经过log2转换之后，就会出现负数，散点一般呈轴对称分布在X=0的位置周围。这样子绘制出来的散点图就有点类似于火山喷发的样子了。 Order by Date Name Attachments a679af1eb9ffbfbad48c18d563ea51f3 • 45 kB • 325 click […]
估计阅读时长: 10 分钟Ascii art是一种使用连续排列的ascii字符进行图形设计的技术。它可以显示在任意的文本框中。ascii art出现于上世纪70年代，最初是当时电脑显示技术不发达时用于显示简单图像的一种娱乐。后来逐渐流行开来，有了专门以此为兴趣的艺术家和研究者。 Order by Date Name Attachments 1537192287563 • 50 kB • 297 click 2021年10月1日ASCII-bilibili […]
估计阅读时长: 17 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC/tree/master/gr/Microsoft.VisualBasic.Imaging/Drawing3D 因为大家大多数都是从小接受电子游戏，所以长大了之后能够自己从零开始开发一个完整的3维图形引擎是每一个男程序员的梦想。这个就像玩机械的男人的梦想就是自己从头开始组装一辆汽车。还好这个梦想我在几年前就已经实现了。 Order by Date Name Attachments Cube3D_VB.NET • 4 MB • 342 click 2021年9月19日Cube_screenshot • […]
估计阅读时长: 11 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC 最近在研究实现空间代谢组学中的一些特征区域的自动化划分分割。在得到了特征点集合之后，我们需要根据一些图像处理算法进行特征区域的提取操作。之前，我们尝试过基于绘制等高线图Marching Squares算法的方式来将特征点集合自动转换为特征区域的多边形，实现轮廓扫描获取的功能。但是实现的效果嘛，和实际的区域存在着一些较大的差异。 Order by Date Name Attachments HR2MSI mouse urinary bladder S096 - spatial regions […]
估计阅读时长: 15 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC 最近在空间代谢组学中的质谱成像应用开发过程中，会需要使用到一些图像处理算法对原始的质谱成像结果图片进行诸如平滑，放大等处理。顺着图像平滑的算法搜索，通过搜索引擎找到了一个年代比较久远的图像处理算法博客文章，将其中的图像算法重新实现了一下，在这里分享给大家。 Order by Date Name Attachments lena • 558 kB • 266 click 2021年9月10日lenalena • […]
[…] 【图像处理】基于Contour Tracing 方法获取多边形轮廓 b. […]
[…] a. 【图像处理】基于Contour Tracing 方法获取多边形轮廓 b. 绘制等高线图 […]
"Her rigorous scientific spirit deserves recognition! Suggest she livestream 'High-altitude Free-fall Physics' next time—title it On Gravity and the Shattering…
[…] 这个时候，可能你就会惊呼了，这怎么可能，我们通过ssh远程上去的Linux终端就是一个纯文本组成的命令行，怎么可能直接显示图片呢。只要思想不滑坡，办法总是有的。可能你之前会了解过通过ASCII Art的方式在Linux终端上显示图像：对于ASCII Art方式，我们会将不同像素点的亮度信息（或者说灰度信息）映射到占据不同显示面积的字符上，从而组成了一副可以显示灰度差异的黑白字符画。这个方法可以解决我们的一部分显示需求，但是不多。 […]
Hello. And Bye.