估计阅读时长: 14 分钟 https://github.com/xieguigang/sciBASIC 层次聚类通过计算不同类别数据点间的相似度来创建一棵有层次的嵌套聚类树。基于层次聚类分析,我们可以初步可视化我们的一些原始数据: 例如对样本的层次聚类分类,可以让我们了解到样本在分组之间以及分组内的异质性。 对生物序列进行基于相似度的层次聚类分析,我们可以了解到序列之间的相似性程度或者进化关系 Order by Date Name Attachments metabolome • 14 kB • 171 click […]
Visual a KDtree
估计阅读时长: 8 分钟 https://github.com/xieguigang/sciBASIC 在进行无监督聚类分析的方法之中,我们在算法代码之中一般会遇到求解与某一个样本数据点最相似的数据点的计算过程。对于这个计算过程,一般而言我们是基于欧几里得距离来完成的。 Order by Date Name Attachments Visual a KDtree Search • 274 kB • 244 […]
Automated Optimal Parameters for T-Distributed Stochastic Neighbor Embedding Improve Visualization and Allow Analysis of Large Datasets
估计阅读时长: 11 分钟 PhenoGraph提供了与UMAP类似的算法过程进行单细胞组学数据的细胞分型处理操作。与UMAP方法相比,PhenoGraph并不会产生数据降维效果,仅仅产生数据点Cluster信息。如果需要将数据进行可视化,还需要借助于t-SNE算法将PhenoGraph的分型结果数据投影到一个二维平面上完成。 Order by Date Name Attachments Phenograph-image4 • 200 kB • 198 click 09.08.2021Automated Optimal Parameters […]
Metavirome network
估计阅读时长: 11 分钟 https://github.com/xieguigang/sciBASIC Louvain算法是基于模块度的网络节点集群发现算法。该算法在效率和效果上都表现较好,并且能够发现层次性的网络节点集群结构,其优化目标是最大化整个网络集群模块的模块度(Modularity)。 Order by Date Name Attachments graph • 2 MB • 200 click 07.08.2021Metavirome network […]
估计阅读时长: < 1 分钟 https://github.com/xieguigang/codegraph Attachments Microsoft.VisualBasic.Framework_v47_dotnet_8da45dcd8060cc9a.dll • 10 MB • 162 click 29.08.2021
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  1. 针对图对象进行向量化表示嵌入: 首先,通过node2vec方法,将node表示为向量 第二步,针对node向量矩阵,进行umap降维计算,对node进行排序,生成node排序序列 第三步,针对node排序序列进行SGT序列图嵌入,实现将网络图对象嵌入为一维向量