估计阅读时长: 2 分钟 假若现在有两条Fasta序列放在你面前,现在需要你进行这两条Fasta序列的相似度计算分析。如果对于我而言,大学刚毕业刚入门生物信息学的时候,可能只能够想到通过blast比对的方式进行序列相似性计算分析。基于blast比对方式可以找到生物学意义上的序列相似性结果,但是计算的效率会比较低。假设现在让你使用这些序列进行机器学习建模分析,或者基于传统数学意义上的基于相似度的无监督聚类分析的时候,面对这些长度上长短不一的生物序列数据,可能会比较蒙圈,因为传统的数学分析方法都要求我们分析的目标至少应该是等长的向量数据。 Order by Date Name Attachments Fasta-A • 544 kB • 24 click 29.06.2023visualize • 45 […]
Figure 3. MetaMapp of the metabolic modules that were altered in E. coli grown in galactose.
估计阅读时长: 5 分钟 在工作之中可能会遇到需要进行两个网络图对象之间的相似度计算的情形:例如在质谱数据分析的化学信息学计算工作之中,我们在解析SMILES字符串得到分子图之后,可以基于图相似度比较计算方法来比较计算两个代谢物分子图之间的结构上的相似度。 Attachments pone.0078360.g003 • 2 MB • 94 click 06.08.2022https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0078360
Figure 6 scTDA analysis of mouse and human developmental data sets.
估计阅读时长: 14 分钟 单细胞分析方法学习文献打卡记录: 【单细胞组学】PhenoGraph单细胞分型 【单细胞分析方法】VeTra:基于RNA速度的轨迹推断工具 【单细胞分析方法】单细胞图嵌入 Order by Date Name Attachments Cellular populations during motor neuron differentiation • […]
Single-cell mapping of gene expression landscapes and lineage in the zebrafish embryo
估计阅读时长: 7 分钟 Assembles a manifold that is defined through a series of overlapping, locally-defined PCA subspaces. Non-mutual k-nearest-neighborhoods […]
估计阅读时长: 5 分钟 https://github.com/xieguigang/graphQL 构建一个图数据库,可以用来帮我们解决复杂的知识关联计算问题。例如我们想要程序向我们回答dihydrogen oxide与water是否是同一个东西。如果光从字符串比较角度上面来看待这个问题的话,很显然,二者的字符串比较结果肯定是False。面对上面的这个问题,图数据库则可以很简单的向我们回答道上面的两个字符串都是指代的同一个东西。 Order by Date Name Attachments tumblr_inline_mqvdlydGCp1qz4rgp • 124 kB • 112 click 05.03.2022Capture […]
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  1. 查询字符串以["起始,以"]结尾: SELECT * FROM biodeepdb_full.metabolite WHERE INSTR(name, '["') = 1 AND INSTR(name, '"]') = LENGTH(name) - LENGTH('"]') + 1 ORDER…

  2. 删除mysql表中重复的行数据 ``` delete t1 from metabolite t1 where t1.id in (select t2.id from (select id, `name`, formula, hashcode2, row_number() over(partition…