估计阅读时长: 2 分钟Connected Component Labeling（连通组件标记算法）主要用于识别并标记二值图像中相互连接的像素区域（即连通区域）。 imports "geometry2D" from "graphics"; imports "machineVision" from "signalKit"; let raw = readImage("—Pngtree—five chickens […]
估计阅读时长: 10 分钟目前经过改进和优化之后的基于mzkit代码库底层的msimaging质谱成像软件包在样本可视化上进行了非常多的改进，诸如： 添加样本原始背景叠加 目前进行质谱成像可视化，程序包不仅仅可以使用任意rgb纯色来作为可视化的背景。目前还可以支持直接使用原始数据的背景作为质谱成像的显示背景。进行这个显示的秘诀就在于简单的在脚本中添加一个TIC背景图层：geom_MSIbackground("TIC") ggplot(msi_data, padding = "padding: 200px 600px 200px 250px;") + geom_MSIbackground("TIC") # rendering of […]
估计阅读时长: 12 分钟https://github.com/xieguigang/Microsoft.VisualBasic.Drawing 最近在Linux服务器上面搞数据分析，因为Linux服务器只能够是通过SSH远程登陆上去的，没有图形化界面，所以想查看生成的结果图的话，只能够将图片文件通过FileZilla工具从服务器上下载下来在本地查看。这种方法非常的繁琐，至少相对于在服务器上跑完了程序后直接查看结果这样子的操作要复杂一些。 如果要能够直接在Linux服务器上查看图片，可行的一个方法就是，如果你有服务器的Root权限的话，可以将你的目录通过smb协议共享出来，在windows上挂在为共享文件夹，这样子在Linux服务器上跑完命令后，再回到Windows的Explorer程序上刷新一下。但是这个对于网络地理位置较远的服务器而言，可能网络速度不是很好，对于几十兆的图片结果文件，可能刷新会存在延迟，你可能需要刷新好几次才会更新Windows上的图片缩略图；并且通过smb开放共享文件夹你还需要记住smb的第二套账号密码，如果账号密码过于简单，那么你的Linux服务器上的数据安全性就会存在问题。 另一个方案就是通过SSH-FS方案，通过你的ssh账号将远程Linux服务器挂载为本地硬盘，来查看服务器上生成的图片文件。但是这个也和上面的方案一样会受限于网络传输速度的影响。 看来，我们只能够在Linux的终端上想办法来进行图片文件的查看了。 Order by Date Name Attachments Capture • 269 kB • 73 […]
估计阅读时长: 11 分钟在进行热图的渲染的时候，我们需要首先将需要进行渲染的数据转换为一个0到1之间的灰度值，然后基于所设定的颜色列表，将灰度值映射为颜色列表的索引号，获取某一个灰度对应的颜色，从而完成对热图的渲染过程。在这个过程中，假若我们是针对热图需要获取得到一个连续的颜色列表，则我们还需要使用插值算法针对基础的关键颜色列表进行插值计算，生成调色板。 Order by Date Name Attachments volcano_ggthemes_Traffic • 17 kB • 79 click 2025年6月12日volcano_ggthemes_excel_Ion_Boardroom • 15 […]
估计阅读时长: 10 分钟 https://github.com/rsharp-lang/athena 在这博客篇文章中的Idea来自于最近进行AI Agent的开发：希望可以有一个方便的框架，能够让我像写普通的R#程序包的方式，为大语言模型编写对应的工具包，实现AI Agent功能。经过了大概一天的摸索，搞定了这样子的AI Agent的框架。我将这个框架取名为雅典娜系统。关于这个系统的名称，我们首先来看看DeepSeek是怎么说的： “我现在正在开发一个和大语言模型助手相关的工具，这个工具可以完成通过自然语言聊天的方式调用相应的工具完成生信数据分析，我需要为这个项目取一个名称，要求这个项目的名称应该是符合下面的需求的：女孩英文名称，和智慧相关的，和科学相关的。为我列举一些候选名称” 根据你的需求（女孩英文名、智慧与科学相关），结合搜索结果中的历史文化名人和寓意，以下是推荐的候选名称及来源解析： 名字 寓意 关联 Athena 源自希腊神话的智慧女神，象征智慧与科学战略。 雅典娜不仅是智慧化身，也代表理性思维，适合强调数据分析与策略的项目。 Clara 拉丁语“明亮、清晰”，象征清晰的科学思维。 […]
估计阅读时长: 5 分钟https://github.com/xieguigang/scale_colour_genshin 在用R绘图时，颜色设置是美化过程中不可缺少的一步。在实际绘图时，一般不会一一手动寻找合适的颜色，而是通过一些R包、网站提供好的，美观的颜色组合，即调色板（palette），可供使用。在这里介绍一种通过提取图片主题色的方法来为我们自动生成画图所用的颜色板数据。 Order by Date Name Attachments 383807b4 • 132 kB • 275 click 2023年4月8日faruzan • […]
估计阅读时长: 9 分钟因为一种单一的编程语言并不会覆盖到所有的适用场景的原因，在一个软件工程项目之中，采用多种语言进行混合编程是一种很常见的协作方式。例如，脚本化的语言，其非常适合于进行最顶层的应用开发，就像胶水一样用于将各种组件进行粘贴，但是脚本化的语言自身因为是基于其他的语言所构建，所以执行效率一般不会太好。对于底层组件，我们一般就会需要使用静态编译类型的非托管语言创建用于高性能数据处理的模块。对于这种需求的底层模块，我们一般可以采用C/C++/Rust来编写。 Order by Date Name Attachments rust • 162 kB • 265 click 2023年3月25日dyn-load • 67 […]
估计阅读时长: 8 分钟https://github.com/rsharp-lang/NRRD NRRD(Nearly Raw Raster Data)是一种用于存储类似于热图成像数据的文件格式。其实我们可以将NRRD看作为类似于bitmap之类的未压缩的原始光栅图像文件。只要我们有对应的解码方式，我们就可以像查看普通图片文件一样查看NRRD文件。 Order by Date Name Attachments raster__238 • 61 kB • 280 […]
估计阅读时长: 5 分钟在BILIBILI上观看视频：《【BioNovoGene Mzkit教程】代谢组学原始数据处理基础》 最近我在B站的视频页面下发现了这样的一条评论，面对质谱数据分析领域内的初学者的求教，其实自己也是非常的诚惶诚恐的。因为在视频中所使用的脚本语言是自己开发的一门新语言，所以可能给一些初学者造成了一部分的困扰哈哈😅😄😅😅。首先先对这个粉丝说一声抱歉哈。 针对上述的提问，我的回答大概是有以下的几点： Order by Date Name Attachments question_20230223 • 17 kB • 233 click […]
估计阅读时长: 5 分钟在工作之中可能会遇到需要进行两个网络图对象之间的相似度计算的情形：例如在质谱数据分析的化学信息学计算工作之中，我们在解析SMILES字符串得到分子图之后，可以基于图相似度比较计算方法来比较计算两个代谢物分子图之间的结构上的相似度。 Attachments pone.0078360.g003 • 2 MB • 367 click 2022年8月6日https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0078360
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Скажите, пожалуйста, есть ли учебные материалы по программному обеспечению mzkit, упомянутому в статье? Я искал в интернете, но не нашел…
well, errrrrrr. Although the mzPack file format offers excellent compatibility with all mass spectrometry data analysis applications, from LC-MS, GC-MS,…
Thank you for your thoughtful comment. Your interpretation of the Best Hit Ratio (BHR) score is entirely accurate and demonstrates…
Очень интересно! Здесь предложен новый универсальный бинарный формат файлов для хранения данных масс-спектрометрии. Не могли бы вы подробно рассказать об…