估计阅读时长: 15 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC 最近在空间代谢组学中的质谱成像应用开发过程中,会需要使用到一些图像处理算法对原始的质谱成像结果图片进行诸如平滑,放大等处理。顺着图像平滑的算法搜索,通过搜索引擎找到了一个年代比较久远的图像处理算法博客文章,将其中的图像算法重新实现了一下,在这里分享给大家。
估计阅读时长: 16 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC 等高线指的是地形图上高程相等的相邻各点所连成的闭合曲线。把地面上海拔高度相同的点连成的闭合曲线,并垂直投影到一个水平面上,并按比例缩绘在图纸上,就得到等高线。
估计阅读时长: 3 分钟http://mzkit.org/ 质谱成像是以质谱技术为基础的成像方法,该方法通过质谱直接扫描生物样品成像,可以在同一张组织切片或组织芯片上同时分析数百种分子的空间分布特征。
估计阅读时长: 13 分钟https://github.com/xieguigang/voyager-1 旅行者一号是一艘由NASA在1977年9月5日发射的宇宙飞船,其只比旅行者2号晚16天发射。旅行者一号除了担负着研究我们的太阳系的任务之外,在这艘飞船之上还搭载着一张我们尝试对外界介绍我们的文明的一张名片为“地球之音”的铜质镀金激光唱片,这张金唱片承载着人类与宇宙星系沟通的使命。

代谢组学那堆名词我上次查资料时也手抄过一页,QC 样本、保留时间、m/z 这些混在一张表里,来回对照着看特别费劲。你这篇把英文缩写和中文解释排在一起,省了我不少翻文献的功夫,尤其是代谢物鉴定那几段。
文中提出的"能否基于单细胞数据分析方法来分析和可视化我的基因组功能嵌入的结果矩阵呢?"让我想到一个需要先厘清的问题:把Family层级的分类当作细胞分群标签时,功能相似性与亲缘关系可能会混在一起,图上的聚集未必能直接解释为代谢功能接近。如果借用单细胞分析中的降维流程,是否可以同时标注物种分类和基因组注释完整度,看看分离主要对应哪一种差异?尤其是这里用的是EC注释的TF-IDF矩阵,缺少某项注释究竟代表功能缺失还是未被识别,也可能影响对分群结果的判断。
这个角度之前没想到,零分布原理及其在生物信息学中的应用 确实值得深入了解。刚好之前看过,可以对照着看看。
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