估计阅读时长: 11 分钟PhenoGraph提供了与UMAP类似的算法过程进行单细胞组学数据的细胞分型处理操作。与UMAP方法相比,PhenoGraph并不会产生数据降维效果,仅仅产生数据点Cluster信息。如果需要将数据进行可视化,还需要借助于t-SNE算法将PhenoGraph的分型结果数据投影到一个二维平面上完成。 Order by Date Name Attachments Phenograph-image4 • 200 kB • 337 click 2021年8月9日Automated Optimal Parameters […]
估计阅读时长: 11 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC Louvain算法是基于模块度的网络节点集群发现算法。该算法在效率和效果上都表现较好,并且能够发现层次性的网络节点集群结构,其优化目标是最大化整个网络集群模块的模块度(Modularity)。 Order by Date Name Attachments graph • 2 MB • 354 click 2021年8月7日Metavirome network […]
估计阅读时长: 2 分钟https://mzkit.org/ 代谢组文章整个坎坷的发表经历中,大家可能都会遇到的一个老大难问题就是我们有时候会需要从原始数据中得到物质注释结果的二级质谱图数据。对于熟悉xcms程序包的同学,获取二级质谱图可能会比较容易:无非就是加载原始数据,然后按照m/z和rt找到对应的二级scan就好了。但是,这种方法会需要编写脚本来完成。 Order by Date Name Attachments download • 33 kB • 333 click 2021年8月4日[278][MS_MS] FTMS […]
估计阅读时长: 2 分钟https://github.com/dotvanilla/vanilla 在Vanilla编译器项目之中,会需要一个程序模块将VisualBasic代码进行解析为语法树。然后我们基于此语法树就可以将VisualBasic项目转换为WAST源代码,从而实现编译为WebAssembly程序了。在这个步骤之中,我们可以通过一个微软官方的Roslyn编译器平台来实现。 Order by Date Name Attachments Roslyn-nuget • 107 kB • 322 click 2021年7月24日what-is-visual-studio • […]
估计阅读时长: < 1 分钟https://github.com/xieguigang/codegraph Attachments Microsoft.VisualBasic.Framework_v47_dotnet_8da45dcd8060cc9a.dll • 10 MB • 276 click 2021年8月29日
估计阅读时长: 8 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC/tree/master/Data_science/Mathematica/SignalProcessing 进行峰识别是在代谢组学原始数据分析之中进行定量分析的很重要的一环。在代谢组学之中,定量分析分为靶向定量,以及非靶向定量计算这两大部分。 Order by Date Name Attachments Figure12.36 • 50 kB • 346 click 2021年7月10日view_signal • […]
估计阅读时长: 9 分钟https://github.com/dotvanilla/vanilla WebAssembly是一种运行在浏览器端的二进制程序集文件。和普通的应用程序开发一样,WebAssembly需要基于一定的源代码文本进行编译。这个编译所需要的源代码文本就是WAST文件。 Understanding WebAssembly text format(https://developer.mozilla.org/en-US/docs/WebAssembly/Understanding_the_text_format)
估计阅读时长: 4 分钟https://github.com/dotvanilla/vanilla vanilla编译器项目是我之前开发过的一个实验性质的项目。主要是为了解决在浏览器端的一些高性能计算的需求,例如数据加密和解密,基于WebGL的计算机图形项目,力学物理规律模拟,网络可视化布局计算等。 Order by Date Name Attachments 1_PcKt44c-UZBBTfNBaovxeQ • 49 kB • 278 click 2021年7月8日web-assembly-architecture-xenonstack-3-1 • […]
估计阅读时长: 3 分钟https://mzkit.org mzkit软件是我最近开发的一款开源的代谢组学领域内的原始数据文件查看工具。开发mzkit软件的初衷是为了更方便的查看很大的非靶向原始数据文件:因为在开发mzkit软件之前,在开发LCMS的代谢物注释脚本或者建立标准品库数据的时候,如果我想要查看或者导出文件中的一些质谱图碎片信息,会需要通过R环境之中的xcms程序包编程来完成。通过R脚本来查看原始数据文件,非常的不方便。所以就有了mzkit软件项目的诞生。 Order by Date Name Attachments BPC_overlay • 114 kB • 388 click 2021年7月1日LCMS_scanTree • […]
估计阅读时长: 16 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC 等高线指的是地形图上高程相等的相邻各点所连成的闭合曲线。把地面上海拔高度相同的点连成的闭合曲线,并垂直投影到一个水平面上,并按比例缩绘在图纸上,就得到等高线。 Order by Date Name Attachments 1_Contour • 487 kB • 447 click 2021年6月30日Ms1Contour • […]
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Скажите, пожалуйста, есть ли учебные материалы по программному обеспечению mzkit, упомянутому в статье? Я искал в интернете, но не нашел…
well, errrrrrr. Although the mzPack file format offers excellent compatibility with all mass spectrometry data analysis applications, from LC-MS, GC-MS,…
Thank you for your thoughtful comment. Your interpretation of the Best Hit Ratio (BHR) score is entirely accurate and demonstrates…
Очень интересно! Здесь предложен новый универсальный бинарный формат файлов для хранения данных масс-спектрометрии. Не могли бы вы подробно рассказать об…