binary tree clustering of phenotypic
估计阅读时长: 4 分钟https://github.com/xieguigang/bclusterTree 对于二叉树,大家肯定不会陌生。二叉树其实就是一个有向无环图(有向:访问的方向是从父节点指向子节点;无环:子节点不会成为其父辈节点的父节点),大家可以从根节点一直往下访问到任意一个叶节点;节点间的方向是根据键值的比较的大小结果来建立的,大的值在右边,小的值在左边(《左迁与右迁》),零值在当前节点。 二叉树示意图来自于这篇博文《Self-balanced Binary Search Trees with AVL in JavaScript》 Order by Date Name Attachments Rplot […]
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  1. […] 在前面写了一篇文章来介绍我们可以如何通过KEGG的BHR评分来注释直系同源。在KEGG数据库的同源注释算法中,BHR的核心思想是“双向最佳命中”。它比简单的单向BLAST搜索(例如,只看你的基因A在数据库里的最佳匹配是基因B)更为严格和可靠。在基因注释中,这种方法可以有效减少因基因家族扩张、结构域保守等原因导致的假阳性注释,从而更准确地识别直系同源基因,而直系同源基因通常具有相同的功能。在今天重新翻看了下KAAS的帮助文档之后,发现KAAS系统中更新了下面的Assignment score计算公式: […]