估计阅读时长: 14分钟一般而言，如果我们在进行组学数据分析的时候，如果想要比较两组数据之间是否存在有差异性，一般是对两两比较的两组数据进行T-检验。但是在代谢组学数据分析领域内，则很多的组学数据分析情况为比较两组以上的数据，寻找差异的biomarker。那这个时候就需要使用上ANOVA统计检验方法了。 Order by Date Name Attachments anova • 105 kB • 616 click 2022年5月28日ANOVA-screen • 27 […]
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哈哈，Thanks♪(･ω･)ﾉ
哈哈。这个R程序包用来做代谢组数据的biomarker分析确实挺方便的呢
This clarifies everything perfectly.
其实，你不应该直接跑原始表达矩阵的。因为在原始表达矩阵中，基因的特征数量可能会非常多，做随机森林或者SVM建模就会会非常久。应该先用limma程序包对矩阵筛选一次，例如用log2fc绝对值按照阈值cutoff筛选一次，或者对log2fc绝对值排序后取前1000个特征，得到小一些feature集合的矩阵后再使用这个程序包做机器学习分析。
Thanks for taking the time to create this.