Posts in similarity

Figure 3. MetaMapp of the metabolic modules that were altered in E. coli grown in galactose.

图相似度计算

谢桂纲 -
8:50 AM
估计阅读时长: 5 分钟在工作之中可能会遇到需要进行两个网络图对象之间的相似度计算的情形：例如在质谱数据分析的化学信息学计算工作之中，我们在解析SMILES字符串得到分子图之后，可以基于图相似度比较计算方法来比较计算两个代谢物分子图之间的结构上的相似度。 Attachments pone.0078360.g003 • 2 MB • 345 click 2022年8月6日https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0078360
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binary tree clustering of phenotypic

二叉树聚类

谢桂纲 -
6:38 PM
估计阅读时长: 4 分钟https://github.com/xieguigang/bclusterTree 对于二叉树，大家肯定不会陌生。二叉树其实就是一个有向无环图（有向：访问的方向是从父节点指向子节点；无环：子节点不会成为其父辈节点的父节点），大家可以从根节点一直往下访问到任意一个叶节点；节点间的方向是根据键值的比较的大小结果来建立的，大的值在右边，小的值在左边（《左迁与右迁》），零值在当前节点。 二叉树示意图来自于这篇博文《Self-balanced Binary Search Trees with AVL in JavaScript》 Order by Date Name Attachments Rplot […]
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博客文章
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  2. […] 在完成了仿真计算后，针对得到的计算结果文件，接下来我们就可以通过dump_stream函数将计算得到的每一帧的数据以热图的形式导出来，在指定的文件夹中生成每一帧的数据热图结果。在进行热图渲染的时候，可以参考之前写的讲解颜色调色板的文章中列举出来的颜色版进行热图的颜色设置。 […]