估计阅读时长: 17 分钟 https://github.com/rsharp-lang/R-sharp/tree/master/studio/RData 在最近的工作中,需要将Docker容器内的R环境之中的数据集无缝的串流到下游的.NET Core数据分析环境之中,基于.NET Core代码库进行数据可视化之类的操作。目前在R环境与.NET Core环境之间进行交互仅存在有一个比较出名的R.NET项目。但是对于使用R.NET项目而言,我们只能够在.NET Core环境之中调用R环境做数据分析,并不能够实现R环境调用.NET Core数据分析环境。并且R.NET项目必须要依赖于R环境对应的库文件,所以使用R.NET并不能够满足我们在Docker容器间进行R数据分析环境与.Net Core数据分析环境之间的无缝衔接。 Order by Date Name Attachments RStudio_Logo • 185 […]
估计阅读时长: 14 分钟 https://github.com/rsharp-lang/ggplot 之前在阅读一篇单细胞组学数据分析的文献,觉得在文献之中有一些三维散点图用于展示降维聚类结果的效果非常的好看。于是自己在R#语言之中的ggplot程序包的2D绘图的功能基础之上,进行了三维图形数据可视化功能的开发。 (A) t-SNE map projecting myeloid cells from BC1-8 patients (all tissues). Cells are colored […]
估计阅读时长: 9 分钟 https://github.com/rsharp-lang/Rnb 之前使用Python脚本进行编写代码的时候,十分的羡慕Python脚本可以基于ipynb记事本进行文档化的编码。在之前R#脚本是缺少相关的代码库模块将可执行的R#脚本渲染成可视化文档。但是经过几天的开发工作时候,现在R#脚本编程已经具备有了文档化编程的基本框架了。 Order by Date Name Attachments 01510007-school-notebook • 32 kB • 172 click 30.10.2021renderHtml_cli • […]
估计阅读时长: 17 分钟 https://github.com/rsharp-lang/ggplot 接上一篇博客文章中谈到,我们已经通过R#语言之中的ggplot程序包绘制出了一个可以使用的火山图。在这里,我们将会通过在火山图上添加更多的可视化元素来为大家介绍R#语言之中的ggplot程序包的进阶使用方式。 Order by Date Name Attachments volcano • 651 kB • 186 click 09.10.2021volcano • […]
估计阅读时长: 11 分钟 https://github.com/rsharp-lang/ggplot 在生物信息学中的组学数据分析领域内,有一个非常常见的数据可视化图表:应用于可视化两两组别比对结果的火山图。在火山图之中,X坐标轴一般是log2FC,纵坐标Y轴,则一般是t检验的pvalue的-log10转换之后的值。由于fold change有大于1的值,A/B大于1,表示A的表达量高于B的表达量,反之小于一表示A的表达量低于B的表达量。这样子fold change经过log2转换之后,就会出现负数,散点一般呈轴对称分布在X=0的位置周围。这样子绘制出来的散点图就有点类似于火山喷发的样子了。 Order by Date Name Attachments a679af1eb9ffbfbad48c18d563ea51f3 • 45 kB • 220 click […]
估计阅读时长: 7 分钟 https://github.com/rsharp-lang/ggplot 一张统计图形就是从数据到几何对象(geometric object, 缩写为geom, 包括点、线、条形等)的图形属性(aesthetic attributes, 缩写为aes, 包括颜色、形状、大小等)的一个映射。此外, 图形中还可能包含数据的统计变换(statistical transformation, 缩写为stats), 最后绘制在某个特定的坐标系(coordinate system, 缩写为coord)中, 而分面(facet, 指将绘图窗口划分为若干个子窗口)则可以用来生成数据中不同子集的图形。 […]
估计阅读时长: 10 分钟 Ascii art是一种使用连续排列的ascii字符进行图形设计的技术。它可以显示在任意的文本框中。ascii art出现于上世纪70年代,最初是当时电脑显示技术不发达时用于显示简单图像的一种娱乐。后来逐渐流行开来,有了专门以此为兴趣的艺术家和研究者。 Order by Date Name Attachments 1537192287563 • 50 kB • 151 click 01.10.2021ASCII-bilibili […]
估计阅读时长: 6 分钟 之前在阅读一个使用rust语言编写的contour tracing算法模块的源代码的时候,其中有一个向量的左旋以及右旋的操作。这个操作的具体的含义是和在算法中的轮廓边缘像素的读取方向有关:因为访问方向是一个二维平面的概念,但是在代码中我们只能够使用一个一维的数组的来存储这个二维的信息。所以在这段rust代码之中,作者很巧妙的使用了向量的左旋以及右旋操作来实现一维数组中对二维平面上的方位的访问操作。 Order by Date Name Attachments RotateVector • 30 kB • 161 click 16.09.2021Full • […]
HR2MSI mouse urinary bladder S096 - spatial regions
估计阅读时长: 10 分钟 https://github.com/xieguigang/sciBASIC 最近在研究实现空间代谢组学中的一些特征区域的自动化划分分割。在得到了特征点集合之后,我们需要根据一些图像处理算法进行特征区域的提取操作。之前,我们尝试过基于绘制等高线图Marching Squares算法的方式来将特征点集合自动转换为特征区域的多边形,实现轮廓扫描获取的功能。但是实现的效果嘛,和实际的区域存在着一些较大的差异。 Order by Date Name Attachments HR2MSI mouse urinary bladder S096 - spatial regions […]
估计阅读时长: 15 分钟 https://github.com/xieguigang/sciBASIC 最近在空间代谢组学中的质谱成像应用开发过程中,会需要使用到一些图像处理算法对原始的质谱成像结果图片进行诸如平滑,放大等处理。顺着图像平滑的算法搜索,通过搜索引擎找到了一个年代比较久远的图像处理算法博客文章,将其中的图像算法重新实现了一下,在这里分享给大家。 Order by Date Name Attachments lena • 558 kB • 149 click 10.09.2021lenalena • […]
博客文章
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  1. 空间Spot结果在下载到的mzkit文件夹中有示例吗?我试了试,不是10X结果中的tissue_positions_list.csv(软件选择此文件,直接error);在默认结果中也没找到类似的文件;