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PhenoGraph算法详细实现

谢桂纲 -
5:43 PM
估计阅读时长: 15 分钟https://gcmodeller.org 在这篇博客文章之中，我主要是来详细介绍一下是如何从头开始实现Phenograph单细胞分型算法的。在之前的一篇博客文章《【单细胞组学】PhenoGraph单细胞分型》之中，我们介绍了Phenograph算法的简单原理，以及一个在R语言之中所实现的Phenograph算法的程序包Rphenograph。在这里我主要是详细介绍在GCModeller软件之中所实现的VisualBasic语言版本的Phenograph单细胞分型算法。 Attachments Rphenograph • 236 kB • 259 click 2021年9月20日
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Automated Optimal Parameters for T-Distributed Stochastic Neighbor Embedding Improve Visualization and Allow Analysis of Large Datasets

【单细胞组学】PhenoGraph单细胞分型

谢桂纲 -
12:37 AM
估计阅读时长: 11 分钟PhenoGraph提供了与UMAP类似的算法过程进行单细胞组学数据的细胞分型处理操作。与UMAP方法相比，PhenoGraph并不会产生数据降维效果，仅仅产生数据点Cluster信息。如果需要将数据进行可视化，还需要借助于t-SNE算法将PhenoGraph的分型结果数据投影到一个二维平面上完成。 Order by Date Name Attachments Phenograph-image4 • 200 kB • 307 click 2021年8月9日Automated Optimal Parameters […]
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博客文章
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  2. […] 在完成了仿真计算后，针对得到的计算结果文件，接下来我们就可以通过dump_stream函数将计算得到的每一帧的数据以热图的形式导出来，在指定的文件夹中生成每一帧的数据热图结果。在进行热图渲染的时候，可以参考之前写的讲解颜色调色板的文章中列举出来的颜色版进行热图的颜色设置。 […]