估计阅读时长: 11 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC Louvain算法是基于模块度的网络节点集群发现算法。该算法在效率和效果上都表现较好，并且能够发现层次性的网络节点集群结构，其优化目标是最大化整个网络集群模块的模块度（Modularity）。 Order by Date Name Attachments graph • 2 MB • 549 click 2021年8月7日Metavirome network […]
估计阅读时长: < 1 分钟https://github.com/xieguigang/codegraph Attachments Microsoft.VisualBasic.Framework_v47_dotnet_8da45dcd8060cc9a.dll • 10 MB • 438 click 2021年8月29日
估计阅读时长: 7 分钟https://github.com/xieguigang/mzkit SMILES字符串是一种在计算化学领域内使用线性ASCII字符串描述一个具有空间立体结构的分子结构所使用的一种语言规范。因为在工作中会需要使用到SMILES字符串做一些分子结构相关的数据建模分析，所以编写了一个很方便的用于SMILES字符串解析操作的模块，在这篇文章中为大家讲解具体的工作原理。 Order by Date Name Attachments science-connection-structure-with-molecules-simple-modern-white-background-illustration_46577-719 • 36 kB • 552 click 2021年6月9日abstract-molecules-structure-with-connect-spherical-particles_46577-689 • […]
估计阅读时长: 4 分钟https://github.com/xieguigang/bclusterTree 对于二叉树，大家肯定不会陌生。二叉树其实就是一个有向无环图（有向：访问的方向是从父节点指向子节点；无环：子节点不会成为其父辈节点的父节点），大家可以从根节点一直往下访问到任意一个叶节点；节点间的方向是根据键值的比较的大小结果来建立的，大的值在右边，小的值在左边（《左迁与右迁》），零值在当前节点。 二叉树示意图来自于这篇博文《Self-balanced Binary Search Trees with AVL in JavaScript》 Order by Date Name Attachments Rplot […]
[…] 在前面写了一篇文章来介绍我们可以如何通过KEGG的BHR评分来注释直系同源。在KEGG数据库的同源注释算法中，BHR的核心思想是“双向最佳命中”。它比简单的单向BLAST搜索（例如，只看你的基因A在数据库里的最佳匹配是基因B）更为严格和可靠。在基因注释中，这种方法可以有效减少因基因家族扩张、结构域保守等原因导致的假阳性注释，从而更准确地识别直系同源基因，而直系同源基因通常具有相同的功能。在今天重新翻看了下KAAS的帮助文档之后，发现KAAS系统中更新了下面的Assignment score计算公式： […]
不常看到, 没有多余矫饰的表达。敬意。
[…] 在前面写了一篇文章来介绍我们可以如何通过KEGG的BHR评分来注释直系同源。在今天重新翻看了下KAAS的帮助文档之后，发现KAAS系统中更新了下面的Assignment score计算公式： […]
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