估计阅读时长: 4 分钟 基于UMAP工具进行简单的自动化组织分区操作 在这里我们假设已经可以正常的将空间代谢数据导入至MZKit工作站软件之中。假若需要借助于MZKit工作站软件进行切片组织样本的自动化分区操作，相关的功能可以在【MSI Analysis】菜单栏中寻找到。在这里我们打开【Show Map Layer】按钮，选择【UMAP and clustering】功能。 基于降维的组织自动化分区原理 因为降维操作一般是一种特征提取操作，所以经过降维之后，在高维度空间上无法显现的特征，在低维度会呈现出来。在高维度空间散落的相近的数据点，在经过特征提取之后，低维度上会产生相似的特征信息，相互聚集在一簇。这样子我们就可以在低维度空间上通过一些聚类算法讲这些特征进行聚类，最后将聚类特征结果标记到各个散点上的对应的原始成像空间上，我们就可以看见组织分区的结果了。 Abdelmoula, W.M., Lopez, B.GC., Randall, E.C. et […]
估计阅读时长: 6 分钟 大家好呀，今天的这篇文章主要是为了回答在B站上的一位小伙伴的请求 Order by Date Name Attachments render-parameters • 18 kB • 59 click 15.10.2023view-umap • 427 […]
估计阅读时长: < 1 分钟 Order by Date Name Attachments HEStainModelPreviews • 361 kB • 127 click 03.06.202213546516212177 • 152 kB […]
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老师提到的这个问题，我这几天会写一个使用教程，老师后面可以用教程中对应的demo示例来了解下功能的使用
空间Spot结果在下载到的mzkit文件夹中有示例吗？我试了试，不是10X结果中的tissue_positions_list.csv（软件选择此文件，直接error）；在默认结果中也没找到类似的文件；