估计阅读时长: 2 分钟Connected Component Labeling（连通组件标记算法）主要用于识别并标记二值图像中相互连接的像素区域（即连通区域）。 imports "geometry2D" from "graphics"; imports "machineVision" from "signalKit"; let raw = readImage("—Pngtree—five chickens […]
估计阅读时长: 7 分钟Boids算法（也称鸟群/鱼群算法）是Craig Reynolds于1986年提出的群体行为模拟模型，通过三条局部规则模拟鸟类、鱼群等生物群体的自组织运动。在Boids算法中，整个过程通过个体（称为“boid”）的局部交互实现全局有序行为，无需中央控制。每条规则计算个体与邻居的相互作用力，最终合力决定运动方向。Boids算法的精髓在于用局部规则涌现全局智能，其简洁性、可扩展性使其成为连接生物行为与工程控制的桥梁。从《蝙蝠侠》的蝙蝠群到无人机编队表演，从游戏生态到交通优化，Boids持续证明：自然界的简单规则，足以驱动复杂系统的有序演化。 Order by Date Name Attachments Boids • 28 MB • 52 click 2025年8月10日Boids • […]
估计阅读时长: 30 分钟https://github.com/xieguigang/Moira LBM（格子玻尔兹曼方法）凭借其介观模型特性，在流体模拟领域展现出显著技术优势：其碰撞与迁移过程仅依赖局部数据，天然适配GPU并行计算，CUDA实现可达成10–100倍加速比；处理复杂几何边界时无需生成体网格，通过格点标记固体并配合反弹边界即可高效实现，尤其适用于多孔介质等场景；同时，通过扩展分布函数可灵活耦合多物理场，例如引入温度分布函数模拟传热，或采用伪势模型捕获多相流中的相分离现象。尽管在高速或高粘度流动中存在局限，但通过MRT算法优化及GPU硬件加速，LBM已成为微流动、多孔介质、多相流等复杂流体模拟的理想工具，在航空工程等领域已有成功应用案例，其应用前景持续拓展。 Order by Date Name Attachments frame-00093 • 2 MB • 52 click 2025年8月9日ffmpeg • […]
估计阅读时长: 10 分钟目前经过改进和优化之后的基于mzkit代码库底层的msimaging质谱成像软件包在样本可视化上进行了非常多的改进，诸如： 添加样本原始背景叠加 目前进行质谱成像可视化，程序包不仅仅可以使用任意rgb纯色来作为可视化的背景。目前还可以支持直接使用原始数据的背景作为质谱成像的显示背景。进行这个显示的秘诀就在于简单的在脚本中添加一个TIC背景图层：geom_MSIbackground("TIC") ggplot(msi_data, padding = "padding: 200px 600px 200px 250px;") + geom_MSIbackground("TIC") # rendering of […]
估计阅读时长: 12 分钟https://github.com/xieguigang/Microsoft.VisualBasic.Drawing 最近在Linux服务器上面搞数据分析，因为Linux服务器只能够是通过SSH远程登陆上去的，没有图形化界面，所以想查看生成的结果图的话，只能够将图片文件通过FileZilla工具从服务器上下载下来在本地查看。这种方法非常的繁琐，至少相对于在服务器上跑完了程序后直接查看结果这样子的操作要复杂一些。 如果要能够直接在Linux服务器上查看图片，可行的一个方法就是，如果你有服务器的Root权限的话，可以将你的目录通过smb协议共享出来，在windows上挂在为共享文件夹，这样子在Linux服务器上跑完命令后，再回到Windows的Explorer程序上刷新一下。但是这个对于网络地理位置较远的服务器而言，可能网络速度不是很好，对于几十兆的图片结果文件，可能刷新会存在延迟，你可能需要刷新好几次才会更新Windows上的图片缩略图；并且通过smb开放共享文件夹你还需要记住smb的第二套账号密码，如果账号密码过于简单，那么你的Linux服务器上的数据安全性就会存在问题。 另一个方案就是通过SSH-FS方案，通过你的ssh账号将远程Linux服务器挂载为本地硬盘，来查看服务器上生成的图片文件。但是这个也和上面的方案一样会受限于网络传输速度的影响。 看来，我们只能够在Linux的终端上想办法来进行图片文件的查看了。 Order by Date Name Attachments Capture • 269 kB • 73 […]
估计阅读时长: 11 分钟在进行热图的渲染的时候，我们需要首先将需要进行渲染的数据转换为一个0到1之间的灰度值，然后基于所设定的颜色列表，将灰度值映射为颜色列表的索引号，获取某一个灰度对应的颜色，从而完成对热图的渲染过程。在这个过程中，假若我们是针对热图需要获取得到一个连续的颜色列表，则我们还需要使用插值算法针对基础的关键颜色列表进行插值计算，生成调色板。 Order by Date Name Attachments volcano_ggthemes_Traffic • 17 kB • 79 click 2025年6月12日volcano_ggthemes_excel_Ion_Boardroom • 15 […]
估计阅读时长: 4 分钟基于UMAP工具进行简单的自动化组织分区操作 在这里我们假设已经可以正常的将空间代谢数据导入至MZKit工作站软件之中。假若需要借助于MZKit工作站软件进行切片组织样本的自动化分区操作，相关的功能可以在【MSI Analysis】菜单栏中寻找到。在这里我们打开【Show Map Layer】按钮，选择【UMAP and clustering】功能。 基于降维的组织自动化分区原理 因为降维操作一般是一种特征提取操作，所以经过降维之后，在高维度空间上无法显现的特征，在低维度会呈现出来。在高维度空间散落的相近的数据点，在经过特征提取之后，低维度上会产生相似的特征信息，相互聚集在一簇。这样子我们就可以在低维度空间上通过一些聚类算法讲这些特征进行聚类，最后将聚类特征结果标记到各个散点上的对应的原始成像空间上，我们就可以看见组织分区的结果了。 Abdelmoula, W.M., Lopez, B.GC., Randall, E.C. et […]
估计阅读时长: 7 分钟假若现在有两条Fasta序列放在你面前，现在需要你进行这两条Fasta序列的相似度计算分析。如果对于我而言，大学刚毕业刚入门生物信息学的时候，可能只能够想到通过blast比对的方式进行序列相似性计算分析。基于blast比对方式可以找到生物学意义上的序列相似性结果，但是计算的效率会比较低。假设现在让你使用这些序列进行机器学习建模分析，或者基于传统数学意义上的基于相似度的无监督聚类分析的时候，面对这些长度上长短不一的生物序列数据，可能会比较蒙圈，因为传统的数学分析方法都要求我们分析的目标至少应该是等长的向量数据。 Order by Date Name Attachments Fasta-A • 544 kB • 236 click 2023年6月29日visualize • 45 […]
估计阅读时长: 11 分钟给定一组n个字符串数组，找到包含给定集合中每个字符串的最小字符串作为子字符串。我们可以假设这个字符串数组中没有字符串是另一个字符串的子字符串。那么基于上面的描述，我们就可以得到下面所示的问题求解目标： let arr[] = ["catg", "ctaagt", "gcta", "ttca", "atgcatc"] // output: gctaagttcatgcatc 上面的问题描述实际上是一个最短超字符串问题（shortest common superstring） Order […]
估计阅读时长: 5 分钟https://github.com/xieguigang/scale_colour_genshin 在用R绘图时，颜色设置是美化过程中不可缺少的一步。在实际绘图时，一般不会一一手动寻找合适的颜色，而是通过一些R包、网站提供好的，美观的颜色组合，即调色板（palette），可供使用。在这里介绍一种通过提取图片主题色的方法来为我们自动生成画图所用的颜色板数据。 Order by Date Name Attachments 383807b4 • 132 kB • 275 click 2023年4月8日faruzan • […]
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Скажите, пожалуйста, есть ли учебные материалы по программному обеспечению mzkit, упомянутому в статье? Я искал в интернете, но не нашел…
well, errrrrrr. Although the mzPack file format offers excellent compatibility with all mass spectrometry data analysis applications, from LC-MS, GC-MS,…
Thank you for your thoughtful comment. Your interpretation of the Best Hit Ratio (BHR) score is entirely accurate and demonstrates…
Очень интересно! Здесь предложен новый универсальный бинарный формат файлов для хранения данных масс-спектрометрии. Не могли бы вы подробно рассказать об…