估计阅读时长: 2 分钟Docker镜像信息 GCModeller以R#语言的软件包的形式提供给客户使用,相应的R#语言的分析环境以Docker镜像的形式进行打包盒发布,Docker的基础镜像为ubuntu 22.04。 dotnet环境:.NET 6 R#语言安装位置:/usr/local/bin R#程序包安装列表: 索引 包名称 Github 1 GCModeller https://github.com/SMRUCC/GCModeller 2 REnv https://github.com/rsharp-lang/R-sharp […]
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  1. 其实,你不应该直接跑原始表达矩阵的。因为在原始表达矩阵中,基因的特征数量可能会非常多,做随机森林或者SVM建模就会会非常久。应该先用limma程序包对矩阵筛选一次,例如用log2fc绝对值按照阈值cutoff筛选一次,或者对log2fc绝对值排序后取前1000个特征,得到小一些feature集合的矩阵后再使用这个程序包做机器学习分析。

  2. 就是随便看看!