Posts on June 7, 2021

【GCModeller】基因表达模式可视化

谢桂纲 -
11:22 PM
估计阅读时长: 11 分钟https://github.com/SMRUCC/GCModeller 在R语言之中，存在着一个用于进行表达数据的时间序列分析的程序包：TCseq。TCseq的全称为Time course sequencing，即时间序列分析，通过对表达矩阵进行时间上的模糊CMeans聚类，得到表达变化趋势一致的基因列表，进行基因表达的时间趋势分析。 在GCModeller之中，我仿照着TCseq程序包，自己编写了一个时间序列的聚类与可视化分析的R#程序包模块，在这里介绍给大家。 Order by Date Name Attachments Gene expression pattern visualization • 2 […]
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  2. […] 在完成了仿真计算后，针对得到的计算结果文件，接下来我们就可以通过dump_stream函数将计算得到的每一帧的数据以热图的形式导出来，在指定的文件夹中生成每一帧的数据热图结果。在进行热图渲染的时候，可以参考之前写的讲解颜色调色板的文章中列举出来的颜色版进行热图的颜色设置。 […]