估计阅读时长: 6 分钟CentOS查看系统版本信息 cat /etc/redhat-release # CentOS Stream release 8 cat /proc/version # Linux version 4.18.0-489.el8.x86_64 (mockbuild@x86-05.stream.rdu2.redhat.com) (gcc […]
估计阅读时长: 8 分钟https://github.com/xieguigang/Darwinism 对于LINQ数据查询引擎而言，其可以接收任意类型的数据源，进行数据查询。只要存在有相对应的数据源驱动程序即可。 Order by Date Name Attachments sqlite • 18 kB • 696 click 2021年6月19日sqlite-contents • […]
估计阅读时长: 11 分钟https://github.com/xieguigang/Darwinism LINQ（Language Integrated Query）技术是一种语言集成查询，即LINQ是VisualBasic语言之中的一种语法。其由微软公司于.NET Framework 3.5引入的一种SQL查询语言非常相似的数据查询语法。 Order by Date Name Attachments query • 51 kB • […]
[…] 在前面的一篇《基因组功能注释（EC Number）的向量化嵌入》博客文章中，针对所注释得到的微生物基因组代谢信息，进行基于TF-IDF的向量化嵌入之后。为了可视化向量化嵌入的效果，通过UMAP进行降维，然后基于降维的结果进行散点图可视化。通过散点图可视化可以发现向量化的嵌入结果可以比较好的将不同物种分类来源的微生物基因组区分开来。 […]
😲啊？
谢老师，写快点呀，在看着你更新文章呢。
[…] 最近的工作中我需要按照之前的这篇博客文章《基因组功能注释（EC Number）的向量化嵌入》中所描述的流程，将好几十万个微生物基因组的功能蛋白进行酶编号的比对注释，然后基于注释结果进行向量化嵌入然后进行数据可视化。通过R#脚本对这些微生物基因组的蛋白fasta序列的提取操作，最终得到了一个大约是58GB的蛋白序列。然后将这个比较大型的蛋白序列比对到自己所收集到的ec number注释的蛋白序列参考数据库之上。 […]
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