估计阅读时长: 10 分钟Github开源地址：https://github.com/xieguigang/flywire 本文是"果蝇赛博生命"三部曲的第三篇，也是高潮篇。前两篇我们讲清了脉冲神经元的"漏水桶"模型（第一篇），以及 FAFB-v783 连接组这张 5000 万条记录的全脑"通话清单"（第二篇）。今天，我们要做两件事：第一，给这只果蝇通电，看看她大脑里哪片区域在亮；第二，把贪吃蛇游戏接进她的大脑，让她自己玩。 然后——因为这篇文章写得足够长——我们顺便讨论一下人类的数字永生、缸中之脑、《黑客帝国》和《流浪地球 2》。坐稳了。 Attachments SNN-Snake • 208 KB • 0 click […]
估计阅读时长: 6 分钟Github开源地址：https://github.com/xieguigang/sciBASIC 本文是"果蝇赛博生命"三部曲的第一篇。我们不讲果蝇，也不讲贪吃蛇，只讲一件事：计算机是如何模仿你的大脑在"想事情"的。 放心，全文不需要任何机器学习背景，需要的只有高中数学，和一个愿意被比喻轰炸的开放心态。 AttachmentsSort by:DefaultDateName SNNResponse • 173 KB • 0 click 25.09.2026Capture • 262 KB […]
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[…] 我们在基于前面所论述的《通过diamond软件进行blastp搜索》对大规模的基因组数据进行了代谢酶的EC number的注释以及按照文章《基因组功能注释（EC Number）的向量化嵌入》的方法，得到了一个比较大的基因组代谢酶TF-IDF嵌入丰度矩阵后，如果将这里所得到的嵌入结果矩阵中的基因组，基于Family层级的物种分类分组看作为单细胞转录数据中的细胞分群结果，能否基于单细胞数据分析方法来分析和可视化我的基因组功能嵌入的结果矩阵呢？ […]
[…] 我们在基于前面所论述的《通过diamond软件进行blastp搜索》对大规模的基因组数据进行了代谢酶的EC number的注释以及按照文章《基因组功能注释（EC Number）的向量化嵌入》的方法，得到了一个比较大的基因组代谢酶TF-IDF嵌入丰度矩阵后，如果将这里所得到的嵌入结果矩阵中的基因组，基于Family层级的物种分类分组看作为单细胞转录数据中的细胞分群结果，能否基于单细胞数据分析方法来分析和可视化我的基因组功能嵌入的结果矩阵呢？ […]
[…] 对于基于ec number来生成层级数据，我们直接使用《酶EC编号结构解析》文章末尾所展示的层级数据生成函数来实现。 […]
[…] 在前面的一篇《基因组功能注释（EC Number）的向量化嵌入》博客文章中，针对所注释得到的微生物基因组代谢信息，进行基于TF-IDF的向量化嵌入之后。为了可视化向量化嵌入的效果，通过UMAP进行降维，然后基于降维的结果进行散点图可视化。通过散点图可视化可以发现向量化的嵌入结果可以比较好的将不同物种分类来源的微生物基因组区分开来。 […]