估计阅读时长: 3 分钟引言 二酰甘油（Diacylglycerol，DAG）是细胞内一类重要的脂质分子，作为生物膜的重要组成部分，同时也参与多种生物学功能和代谢途径。Diacylglycerol (DAG, 16:0_18:1) 是甘油二酯的一种异构体，其结构为sn-1位连接棕榈酸（16:0）、sn-2位连接油酸（18:1）。它在脂质代谢中具有多重角色，涉及合成、分解、信号传导及能量调节等过程。
估计阅读时长: 8 分钟https://gcmodeller.org/ KEGG is a database resource for understanding high-level functions and utilities of the biological system, […]
估计阅读时长: 15 分钟进行生物化学代谢反应网络的模拟计算，可以分为三种技术路线：基于线性规划做优化的FBA方法，基于常微分方程组求解的动力学模拟方法，以及最近发展的基于图神经网络做模拟计算的深度学习计算方法。在下面的表格中，在这里进行比较和总结了上面所提到的三种计算分析方法各自的计算原理和应用领域： 计算方法 原理 优势 适用场景 通量平衡分析（FBA） 基于约束条件（如化学计量矩阵、酶容量限制）和线性规划，在假设代谢网络处于稳态（即代谢物浓度不变）的前提下，计算代谢通量的分布，通常以最大化特定目标（如生物量生长）进行优化 1. 无需详细的酶动力学参数，特别适合大规模网络研究。2. 计算速度快，可系统性地预测基因敲除或环境扰动下的表型变化。3. 广泛应用于指导代谢工程，优化目标产物合成。 追求快速评估和全局优化：如果你的研究目标是在基因组尺度上快速评估微生物在不同条件下的生长或产物合成潜力，并且难以获取详细的动力学参数，FBA是一个非常实用的起点 动力学模拟 基于质量作用定律等构建常微分方程组（ODEs），描述每个代谢物浓度随时间变化的动力学过程，通过数值方法求解方程组 1. 能够捕捉代谢物浓度和通量的瞬态动态变化，揭示更精细的调控机制2. […]
估计阅读时长: 2 分钟在BILIBILI上观看视频：《【GCModeller教程】基因组功能富集计算原理》 Order by Date Name Attachments 20190818_GSEA_release.mp4_20190921_225144.467 • 226 kB • 474 click 2021年5月30日Fisher Exact Test […]
我目前做的工作主要是发酵计算工具，可能和老师的需求有一些偏差
老师您好，您目前可以直接使用 iNAP 2.0方法 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/imt2.235
谢博，您好，我们课题组目前正在做环境微生物网络相关的课题，搜索github上发现了您最近做的微生物建模工具，请问有合作意向么
Your blog contains very good information. The explanation of the algorithm is quite interesting, hahaha 😅😅😅 but it's a bit…
又到年底了，真快！