估计阅读时长: 2 分钟Connected Component Labeling(连通组件标记算法)主要用于识别并标记二值图像中相互连接的像素区域(即连通区域)。 imports "geometry2D" from "graphics"; imports "machineVision" from "signalKit"; let raw = readImage("—Pngtree—five chickens […]
估计阅读时长: < 1 分钟HE染色(苏木精-伊红染色,Hematoxylin and Eosin Staining)是一种组织学和病理学中广泛应用的技术,用于染色组织切片以便于显微观察。该技术利用两种染料——苏木精和伊红,分别染色细胞核和细胞质,从而呈现出清晰的细胞结构。用于观察组织和细胞的形态结构。HE染色技术因其简单、高效的特点,成为组织学、胚胎学和病理学研究中不可或缺的基础方法。HE染色通过苏木精和伊红的染色作用,帮助观察和区分细胞核与细胞质及细胞外基质的形态结构。解读HE染色结果需要结合实验背景和研究目的,观察染色的均匀性、对比度以及细胞和组织的形态变化,从而提供重要的实验依据。 HE染色技术的历史可以追溯到19世纪末: 1868年:德国病理学家Karl Weigert开发了苏木精染色法,用于染色细胞核。 1877年:Albrecht von Leube开发了伊红染色法,用于染色细胞质。 1876年:化学家Wissowzky首次联合使用苏木精和伊红,但未被认为是发明者。 1886年:Paul Ehrlich发表了相关研究,推动了HE染色技术的标准化和广泛应用。
博客文章
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  1. […] 在前面的一篇《基因组功能注释(EC Number)的向量化嵌入》博客文章中,针对所注释得到的微生物基因组代谢信息,进行基于TF-IDF的向量化嵌入之后。为了可视化向量化嵌入的效果,通过UMAP进行降维,然后基于降维的结果进行散点图可视化。通过散点图可视化可以发现向量化的嵌入结果可以比较好的将不同物种分类来源的微生物基因组区分开来。 […]

  2. […] 最近的工作中我需要按照之前的这篇博客文章《基因组功能注释(EC Number)的向量化嵌入》中所描述的流程,将好几十万个微生物基因组的功能蛋白进行酶编号的比对注释,然后基于注释结果进行向量化嵌入然后进行数据可视化。通过R#脚本对这些微生物基因组的蛋白fasta序列的提取操作,最终得到了一个大约是58GB的蛋白序列。然后将这个比较大型的蛋白序列比对到自己所收集到的ec number注释的蛋白序列参考数据库之上。 […]