估计阅读时长: 17 分钟EC Number是国际酶学委员会（IUBMB）制定的一套酶分类编号体系，EC Number采用层级分类法，由4个数字组成，分别代表酶的大类、亚类、亚亚类和序号。例如，“EC 1.1.1.37”中，第一个“1”表示氧化还原酶大类；第二个“1”表示作用于CH-OH基团；第三个“1”表示以NAD+或NADP+为受体的酶；第四个“37”表示特定酶苹果酸脱氢酶。这种层次结构意味着EC编号蕴含了丰富的功能信息，包括酶催化的反应类型和底物/机制。将EC Number嵌入为向量，有助于我们利用机器学习模型进行功能预测、相似性分析等。 Order by Date Name Attachments Capture • 14 kB • 0 […]
[…] 基于之前的一篇文章《TF-IDF与N-gram One-hot文档嵌入算法原理》的学习，我们了解到可以将生物序列通过分解为kmer，组成单词集合用来表示一个文档。从而将长度各异的生物序列嵌入为长读一致的数值向量，进而可以用于后续的各种数据处理工作中。在这里，假设我们将基因组中的所有基因提取出来，然后通过blast比对的方式将基因注释到对应的ec number编号，既可以将某一个基因组使用一个ec number的集合来表示。通过这样子的数据表示方法，我们就可以将任意一个大小各异，基因组成不同的基因组都嵌入为具有相同维度特征的数值向量用于机器学习建模之类的工作。 […]
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起了个头而已，等后续更新🤣
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