估计阅读时长: 10 分钟 https://github.com/rsharp-lang/athena 在这博客篇文章中的Idea来自于最近进行AI Agent的开发：希望可以有一个方便的框架，能够让我像写普通的R#程序包的方式，为大语言模型编写对应的工具包，实现AI Agent功能。经过了大概一天的摸索，搞定了这样子的AI Agent的框架。我将这个框架取名为雅典娜系统。关于这个系统的名称，我们首先来看看DeepSeek是怎么说的： “我现在正在开发一个和大语言模型助手相关的工具，这个工具可以完成通过自然语言聊天的方式调用相应的工具完成生信数据分析，我需要为这个项目取一个名称，要求这个项目的名称应该是符合下面的需求的：女孩英文名称，和智慧相关的，和科学相关的。为我列举一些候选名称” 根据你的需求（女孩英文名、智慧与科学相关），结合搜索结果中的历史文化名人和寓意，以下是推荐的候选名称及来源解析： 名字 寓意 关联 Athena 源自希腊神话的智慧女神，象征智慧与科学战略。 雅典娜不仅是智慧化身，也代表理性思维，适合强调数据分析与策略的项目。 Clara 拉丁语“明亮、清晰”，象征清晰的科学思维。 […]
代谢组学那堆名词我上次查资料时也手抄过一页，QC 样本、保留时间、m/z 这些混在一张表里，来回对照着看特别费劲。你这篇把英文缩写和中文解释排在一起，省了我不少翻文献的功夫，尤其是代谢物鉴定那几段。
文中提出的"能否基于单细胞数据分析方法来分析和可视化我的基因组功能嵌入的结果矩阵呢？"让我想到一个需要先厘清的问题：把Family层级的分类当作细胞分群标签时，功能相似性与亲缘关系可能会混在一起，图上的聚集未必能直接解释为代谢功能接近。如果借用单细胞分析中的降维流程，是否可以同时标注物种分类和基因组注释完整度，看看分离主要对应哪一种差异？尤其是这里用的是EC注释的TF-IDF矩阵，缺少某项注释究竟代表功能缺失还是未被识别，也可能影响对分群结果的判断。
这个角度之前没想到，零分布原理及其在生物信息学中的应用 确实值得深入了解。刚好之前看过，可以对照着看看。
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