估计阅读时长: 18 分钟https://github.com/rsharp-lang/R-sharp/tree/master/studio/RData 如果我们需要将上游的R数据分析环境之中的数据集串流至下游的R#数据分析环境之中，构建出一个不同的数据分析环境混合在一块的自动化数据分析流程。我们一般会需要将上游的R环境之中的数据符号对象以RData的格式串流到下游环境中，下游环境进行反序列化加载数据到环境中执行相应的分析。例如在下游执行定制化程度更高的数据作图，将数据以在上游R环境中比较困难实现的其他二进制文件格式进行保存，或者进行分布式的跨物理机的集群化计算，等等用于实现单纯依靠R环境所比较困难实现的功能。 从上一篇博客文章之中我们比较下详细的了解了RData数据文件的文件格式以及对应的读取操作。在这篇文章之中我们来了解如何基于我们通过对RData文件读取操作所获取得到的链表数据进行反序列化操作，将R环境之中的数据集串流加载到下游的R#数据分析环境之中。 Order by Date Name Attachments rstudio-og-fb-1-1024x538 • 39 kB • 681 click 2021年12月4日read-vector […]
估计阅读时长: 15 分钟https://github.com/xieguigang/Darwinism NetCDF文件格式（Network Common Data Format）是一种以network byteorder进行编码的CDF数据文件格式。其广泛应用于大气科学、水文、海洋学、环境模拟、地球物理等诸多数据科学计算分析领域内的数据存储。 Order by Date Name Attachments netcdf • 2 MB • […]
[…] 我们在基于前面所论述的《通过diamond软件进行blastp搜索》对大规模的基因组数据进行了代谢酶的EC number的注释以及按照文章《基因组功能注释（EC Number）的向量化嵌入》的方法，得到了一个比较大的基因组代谢酶TF-IDF嵌入丰度矩阵后，如果将这里所得到的嵌入结果矩阵中的基因组，基于Family层级的物种分类分组看作为单细胞转录数据中的细胞分群结果，能否基于单细胞数据分析方法来分析和可视化我的基因组功能嵌入的结果矩阵呢？ […]
[…] 我们在基于前面所论述的《通过diamond软件进行blastp搜索》对大规模的基因组数据进行了代谢酶的EC number的注释以及按照文章《基因组功能注释（EC Number）的向量化嵌入》的方法，得到了一个比较大的基因组代谢酶TF-IDF嵌入丰度矩阵后，如果将这里所得到的嵌入结果矩阵中的基因组，基于Family层级的物种分类分组看作为单细胞转录数据中的细胞分群结果，能否基于单细胞数据分析方法来分析和可视化我的基因组功能嵌入的结果矩阵呢？ […]
[…] 对于基于ec number来生成层级数据，我们直接使用《酶EC编号结构解析》文章末尾所展示的层级数据生成函数来实现。 […]
[…] 在前面的一篇《基因组功能注释（EC Number）的向量化嵌入》博客文章中，针对所注释得到的微生物基因组代谢信息，进行基于TF-IDF的向量化嵌入之后。为了可视化向量化嵌入的效果，通过UMAP进行降维，然后基于降维的结果进行散点图可视化。通过散点图可视化可以发现向量化的嵌入结果可以比较好的将不同物种分类来源的微生物基因组区分开来。 […]
😲啊？