Automated Optimal Parameters for T-Distributed Stochastic Neighbor Embedding Improve Visualization and Allow Analysis of Large Datasets
估计阅读时长: 11 分钟PhenoGraph提供了与UMAP类似的算法过程进行单细胞组学数据的细胞分型处理操作。与UMAP方法相比,PhenoGraph并不会产生数据降维效果,仅仅产生数据点Cluster信息。如果需要将数据进行可视化,还需要借助于t-SNE算法将PhenoGraph的分型结果数据投影到一个二维平面上完成。 Order by Date Name Attachments Phenograph-image4 • 200 kB • 410 click 2021年8月9日Automated Optimal Parameters […]
博客文章
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  1. ご提供いただきましたこの研究ツールに心より感謝申し上げます。お示しいただいたサンプルコードから見ますと、この方法は非常に使いやすいようです。しかし、実際のデータに適用する際、アルゴリズムがシングルスレッドであるため、大規模な空間代謝組学の生データを可視化する場合、計算プロセスが非常に長時間に及ぶ可能性があります。マルチスレッド計算を可能にした最適化版をご提供いただければ、使用体験が大幅に向上すると思われます。以上、私の個人的な使用感でございます。

  2. Je pense que cet algorithme présente encore des limitations importantes. Par exemple, sur plusieurs poules présentes sur l'image originale, l'une…