估计阅读时长: 7 分钟https://github.com/xieguigang/sciBASIC 在分布式哈希表网络之中，Peer节点之间进行分布式数据传输都是使用的B编码。B编码格式与JSON编码格式较为相似，均以“键：值”形式存储，我们可以将B编码的字符串整个内容理解为一个经过特殊编码的字典，或者一个近似的JSON。B编码与JSON编码，这两种编码都仅包含有4种最基础的数据类型：字符串类型，数值类型，数组类型与对象字典类型。 Order by Date Name Attachments DHT-dark-all • 416 kB • 606 click 2021年6月4日bdecode • […]
[…] 在前面的一篇《基因组功能注释（EC Number）的向量化嵌入》博客文章中，针对所注释得到的微生物基因组代谢信息，进行基于TF-IDF的向量化嵌入之后。为了可视化向量化嵌入的效果，通过UMAP进行降维，然后基于降维的结果进行散点图可视化。通过散点图可视化可以发现向量化的嵌入结果可以比较好的将不同物种分类来源的微生物基因组区分开来。 […]
😲啊？
谢老师，写快点呀，在看着你更新文章呢。
[…] 最近的工作中我需要按照之前的这篇博客文章《基因组功能注释（EC Number）的向量化嵌入》中所描述的流程，将好几十万个微生物基因组的功能蛋白进行酶编号的比对注释，然后基于注释结果进行向量化嵌入然后进行数据可视化。通过R#脚本对这些微生物基因组的蛋白fasta序列的提取操作，最终得到了一个大约是58GB的蛋白序列。然后将这个比较大型的蛋白序列比对到自己所收集到的ec number注释的蛋白序列参考数据库之上。 […]
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